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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i1h | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PRECORRIN-8X METHYLMUTASE COMPLEX WITH HYDROGENOBYRINIC ACID | ||||||
要素 | PRECORRIN-8X METHYLMUTASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Precorrin / Vitamin B12 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 precorrin-8X methylmutase / precorrin-8X methylmutase activity / cobalamin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Shipman, L.W. / Li, D. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of precorrin-8x methyl mutase. 著者: Shipman, L.W. / Li, D. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i1h.cif.gz | 56.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i1h.ent.gz | 40.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i1h_validation.pdf.gz | 506.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i1h_full_validation.pdf.gz | 527.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i1h_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i1h_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i1h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the functional dimer is generated by the crystallographic two-fold axis: -x, y, -z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23217.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas denitrificans (バクテリア) 遺伝子: COBH / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21)DE3 / 参照: UniProt: P21638, precorrin-8X methylmutase |
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#2: 化合物 | ChemComp-COJ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, Magnesium Chloride, Tris-HCl, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月20日 / 詳細: osmic mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 17886 / Num. obs: 5501 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / % possible all: 94.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 30 Å / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Num. measured all: 17886 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |