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- PDB-1hzl: SOLUTION STRUCTURES OF C-1027 APOPROTEIN AND ITS COMPLEX WITH THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hzl
タイトルSOLUTION STRUCTURES OF C-1027 APOPROTEIN AND ITS COMPLEX WITH THE AROMATIZED CHROMOPHORE
要素C-1027 APOPROTEIN
キーワードANTIBIOTIC / chromoprotein / C-1027 / apoprotein / aromatized chromophore
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Neocarzinostatin-like / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin-like / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-1027 AROMATIZED CHROMOPHORE / Antitumor antibiotic C-1027 apoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces globisporus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Tanaka, T. / Fukuda-Ishisaka, S. / Hirama, M. / Otani, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structures of C-1027 apoprotein and its complex with the aromatized chromophore.
著者: Tanaka, T. / Fukuda-Ishisaka, S. / Hirama, M. / Otani, T.
履歴
登録2001年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年2月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_validate_planes.rmsd / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-1027 APOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3522
ポリマ－10,5041
非ポリマー8471
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1030 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5570 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-1027 APOPROTEIN / ANTITUMOR ANTIBIOTIC C-1027 APOPROTEIN


分子量: 10504.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces globisporus (バクテリア) / 株: C-1027 / 参照: UniProt: Q06110
#2: 化合物 ChemComp-ROM / C-1027 AROMATIZED CHROMOPHORE


分子量: 847.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H45ClN3O13
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
132COSY
242HOHAHA
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1Sample 1: 8.3-8.6mM C-1027 apoprotein complexed with the aromatized chromophore; 99.996% D2O; Sample 2: 8.3-8.6mM C-1027 apoprotein complexed with the aromatized chromophore; 90% H2O, 10% D2O99.996% D2O; 90% H2O, 10% D2O
28.3-8.6mM C-1027 apoprotein complexed with the aromatized chromophore; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AM / 製造業者: Bruker / モデル: AM / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Brunger, A.T.構造決定
X-PLOR3.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1539 restraints: 1378 NOE-derived distance restraints, 95 dihedral angle restraints, 60 distance restraints from hydrogen bonds, and 6 distance ...詳細: The structures are based on a total of 1539 restraints: 1378 NOE-derived distance restraints, 95 dihedral angle restraints, 60 distance restraints from hydrogen bonds, and 6 distance restraints from disulfide bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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