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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hnu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PEROXISOMAL DELTA3-DELTA2-ENOYL-COA ISOMERASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE | ||||||
要素 | D3,D2-ENOYL COA ISOMERASE ECI1 | ||||||
キーワード | ISOMERASE / alpha/beta | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Mursula, A.M. / van Aalten, D.M.F. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: The crystal structure of delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase. 著者: Mursula, A.M. / van Aalten, D.M. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and X-ray Diffraction Analysis of Peroxisomal delta3-delta2-enoyl-CoA Isomerase from Saccharomyces cerevisiae 著者: Mursula, A.M. / van Aalten, D.M. / Modis, Y. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hnu.cif.gz | 68.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hnu.ent.gz | 50.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hnu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hnu_validation.pdf.gz | 438.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hnu_full_validation.pdf.gz | 444.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hnu_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hnu_validation.cif.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/1hnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/1hnu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6|||||||||||||||
2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31718.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q05871, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.48 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: MES, ammonium sulfate, 1,4-dioxane, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.1765, 1.1773, 1.1697, 1.1836 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月26日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 27191 / Num. obs: 27191 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 40.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2651 / % possible all: 99.7 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Num. unique obs: 2651 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→20 Å / Isotropic thermal model: individual isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.95 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.25 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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