[日本語] English
万見
- PDB-1hi3: Eosinophil-derived Neurotoxin (EDN) - Adenosine 2'-5'-Diphosphate... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hi3
タイトルEosinophil-derived Neurotoxin (EDN) - Adenosine 2'-5'-Diphosphate Complex
要素EOSINOPHIL-DERIVED NEUROTOXIN
キーワードHYDROLASE / RNASE-2 / RNASE US / RIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity ...RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / Non-secretory ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leonidas, D.D. / Boix, E. / Prill, R. / Suzuki, M. / Turton, R. / Minson, K. / Swaminathan, G.J. / Youle, R.J. / Acharya, K.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Mapping the Ribonucleolytic Active Site of Eosinophil-Derived Neurotoxin (Edn): High Resolution Crystal Structures of Edn Complexes with Adenylic Nucleotide Inhibitors
著者: Leonidas, D.D. / Boix, E. / Prill, R. / Suzuki, M. / Turton, R. / Minson, K. / Swaminathan, G.J. / Youle, R.J. / Acharya, K.R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-Ray Crystallographic Structure of Recombinant Eosinophil-Derived Neurotoxin at 1.83 A Resolution
著者: Mosimann, S.C. / Newton, D.L. / Youle, R.J. / James, M.N.
履歴
登録2001年1月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: EOSINOPHIL-DERIVED NEUROTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0392
ポリマ－15,6121
非ポリマー4271
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.525, 56.176, 41.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 EOSINOPHIL-DERIVED NEUROTOXIN / RNASE-2 / RNASE-US / EDN


分子量: 15611.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD / Cell: EOSINOPHIL / 細胞内の位置: SECRETORY GRANULES / Organelle: GRANULE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P10153, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-A2P / ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / 2′,5′-ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.5M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 5% ETHANOL
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium cacodylate1drop
30.75 Mammonium sulfate1drop
42.5 %ethanol1drop
50.1 Msodium cacodylate1reservoir
61.5 Mammonium sulfate1reservoir
75 %ethanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 11471 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 14 / Rsym value: 0.161 / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 96.4 % / Num. measured all: 130116 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 592 5.2 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 11427 96.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1089 0 27 152 1268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.372.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 90 5.1 %
Rwork0.283 1662 -
obs--90.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REPTOPHCSDX.PR
X-RAY DIFFRACTION2PARTOP
X-RAY DIFFRACTION3LIGLIG
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.8

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る