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- PDB-1hg3: Crystal structure of tetrameric TIM from Pyrococcus woesei. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hg3
タイトルCrystal structure of tetrameric TIM from Pyrococcus woesei.
要素TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / THERMOSTABILITY / PYROCOCCUS / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TETRAMERIC
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, archaeal / Thiazole synthase ThiG / Thiazole biosynthesis protein ThiG / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I ...Triosephosphate isomerase, archaeal / Thiazole synthase ThiG / Thiazole biosynthesis protein ThiG / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHONOPROPANOIC ACID / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS WOESEI (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Walden, H. / Bell, G.S. / Russell, R.J.M. / Siebers, B. / Hensel, R. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Tiny Tim: A Small, Tetrameric, Hyperthermostable Triosephosphate Isomerase
著者: Walden, H. / Bell, G.S. / Russell, R.J.M. / Siebers, B. / Hensel, R. / Taylor, G.L.
履歴
登録2000年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
B: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
C: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
D: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
E: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
F: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
G: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
H: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,02216
ポリマ－189,7908
非ポリマー1,2328
水6,233346
1
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
B: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
C: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
D: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5118
ポリマ－94,8954
非ポリマー6164
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
F: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
G: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
H: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5118
ポリマ－94,8954
非ポリマー6164
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.000, 89.100, 145.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6803, -0.31876, 0.65999), (-0.31654, -0.68438, -0.65683), (0.66105, -0.65576, 0.36468)-23.834, 98.36513, 58.76599
2given(0.62704, -0.00728, -0.77895), (0.00306, -0.99993, 0.01181), (-0.77898, -0.00979, -0.62697)55.10153, 60.82224, 115.24031
3given(-0.93681, 0.32394, 0.13209), (0.32729, 0.67821, 0.65797), (0.12355, 0.65962, -0.74137)-6.37488, -36.65746, 96.46261
4given(0.99998, 0.00318, 0.00584), (-0.00319, 0.99999, 0.00161), (-0.00584, -0.00163, 0.99998)35.6823, 22.51346, 72.74033
5given(-0.67601, -0.32431, 0.66169), (-0.31563, -0.68397, -0.65769), (0.66587, -0.65346, 0.36001)12.35264, 121.03146, 131.69531
6given(0.62252, -0.01007, -0.78254), (0.0045, -0.99985, 0.01644), (-0.78259, -0.01376, -0.62239)91.66452, 83.0285, 187.68719
7given(-0.93656, 0.32639, 0.12778), (0.32599, 0.67712, 0.65973), (0.12881, 0.65953, -0.74056)30.10075, -14.10838, 169.0519

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要素

#1: タンパク質
TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量: 23723.691 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 2-CARBOXYETHYLPHOSPHONIC ACID IN THE ACTIVE SITE / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS WOESEI (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: P95583, UniProt: P62003*PLUS, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-3PP / 3-PHOSPHONOPROPANOIC ACID / 2-CARBOXYETHYLPHOSPHONIC ACID / 3-ホスホノプロピオン酸


分子量: 154.058 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CONVERTS D-GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE TO DIHYDROXY-ACETONE PHOSPHATE. PLAYS AN IMPORTANT ROLE IN ...CONVERTS D-GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE TO DIHYDROXY-ACETONE PHOSPHATE. PLAYS AN IMPORTANT ROLE IN SEVERAL METABOLIC PATHWAYS.
配列の詳細THE C-TERMINAL 15 RESIDUES LISTED IN THE SWISS-PROT ENTRY ARE INCORRECT. THE SWISS-PROT ENTRY WILL ...THE C-TERMINAL 15 RESIDUES LISTED IN THE SWISS-PROT ENTRY ARE INCORRECT. THE SWISS-PROT ENTRY WILL BE UPDATED SOON.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: MAD DATA WERE USED TO DETERMINE THE STRUCTURE, CROSS- CRYSTAL AVERAGING AND PHASE EXTENSION USING IN-HOUSE DATA WERE USED IN REFINEMENT OF THE MODEL.
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.0 AND 7% PEG 4000
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bell, G.S., (1998) Acta crystallog., D54, 1419.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mM2-carboxyethylphosphonic acid1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir
37 %PEG40001reservoir
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9795,0.9796,0.9537
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97961
30.95371
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 25844 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.112 / % possible all: 89.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 386571
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: NCS RESTRAINTS WERE USED THROUGHOUT REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 5062 10 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 49927 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13232 0 72 346 13650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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