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万見
- PDB-1h1d: Catechol O-Methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h1d
タイトルCatechol O-Methyltransferase
要素CATECHOL-O-METHYLTRANSFERASEカテコール-O-メチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process / response to salt / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / 発生生物学 / renin secretion into blood stream / renal filtration / renal albumin absorption / dopamine secretion / S-adenosylmethionine metabolic process / negative regulation of dopamine metabolic process / 馴化 / artery development / catecholamine metabolic process / short-term memory / cellular response to phosphate starvation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / glomerulus development / fear response / multicellular organismal reproductive process / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / response to food / exploration behavior / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to pain / dopamine metabolic process / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / glycogen metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / response to inorganic substance / multicellular organismal response to stress / behavioral fear response / response to amphetamine / response to organic substance / 学習 / kidney development / female pregnancy / response to cytokine / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / multicellular organism growth / visual learning / response to organic cyclic compound / 記憶 / response to toxic substance / 認識 / 血圧 / response to wounding / response to estrogen / cell body / 遺伝子発現 / メチル化 / postsynapse / postsynaptic membrane / response to oxidative stress / vesicle / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / response to hypoxia / learning or memory / response to xenobiotic stimulus / 神経繊維 / 樹状突起 / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BIA / S-アデノシルメチオニン / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Archer, M. / Rodrigues, M.L. / Matias, P.M. / Bonifacio, M.J. / Learmonth, D.A. / Soares-da-Silva, P. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2002
タイトル: Kinetics and Crystal Structure of Catechol-O-Methyltransferase Complex with Co-Substrate and a Novel Inhibitor with Potential Therapeutic Application
著者: Bonifacio, M.J. / Archer, M. / Rodrigues, M.L. / Matias, P.M. / Learmonth, D.A. / Carrondo, M.A. / Soares-da-Silva, P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Characterization of Catechol-O-Methyltransferase in Complex with its Co-Substrate and an Inhibitor
著者: Rodrigues, M.L. / Archer, M. / Bonifacio, M.J. / Soares-da-Silva, P. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2002年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATECHOL-O-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6354
ポリマ－24,7721
非ポリマー8623
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.490, 51.490, 168.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2086-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CATECHOL-O-METHYLTRANSFERASE / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ


分子量: 24772.400 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 組織: LIVER肝臓 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD
参照: UniProt: P22734, カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-BIA / 1-(3,4,DIHYDROXY-5-NITROPHENYL)-3-{4-[3-(TRIFLUOROMETHYL) PHENYL] PIPERAZIN-1-YL}PROPAN-1-ONE / BIA 3-335


分子量: 439.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20F3N3O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: CATALYZES THE INACTIVATION, OF CATECHOLAMINE NEUROTRANSMITTERS AND CATECHOL VIA O- ...FUNCTION: CATALYZES THE INACTIVATION, OF CATECHOLAMINE NEUROTRANSMITTERS AND CATECHOL VIA O-METHYLATION. ISOFORM: SOLUBLE ISOFORM COMPRISES RESIDUES 44-264 OF THE MEMBRANE BOUND FORM (RESIDUES 1-264) OF THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 8-10% PEG 6K, 0.1 M MES PH 5.5 - 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Rodrigues, M.L., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, D57, 906.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.5 M1dropNaCl
28-10 %PEG60001reservoir
30.1 MMES1reservoirpH5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25.7 Å / Num. obs: 131542 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 21.4 Å / Num. obs: 17663 / 冗長度: 7.4 % / Num. measured all: 131542 / Rmerge(I) obs: 0.113
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VID

1vid


解像度: 2→25.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 889 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 17627 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.52 Å22.04 Å20 Å2
2--2.52 Å20 Å2
3----5.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 59 93 1832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.322.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 127 5.3 %
Rwork0.278 2259 -
obs--79.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WAT_REP.PARSAM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARBIA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIGAND.PAR
精密化
*PLUS
最低解像度: 21.4 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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