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- PDB-1gyq: CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCOSOMAL GLYCERALDEHYDE FROM LEISHMANIA ME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gyq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GLYCOSOMAL GLYCERALDEHYDE FROM LEISHMANIA MEXICANA IN COMPLEX WITH N6-BENZYL-NAD
要素PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (ALDEHYDE(D)-NAD+(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glycosome / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N6-BENZYL-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Suresh, S. / Hol, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Structure-based design of submicromolar, biologically active inhibitors of trypanosomatid glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase.
著者: Aronov, A.M. / Suresh, S. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Verlinde, C.L. / Opperdoes, F.R. / Hol, W.G. / Gelb, M.H.
履歴
登録1999年3月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
C: PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
D: PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,7878
ポリマ－154,7734
非ポリマー3,0144
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21200 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area45030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.330, 125.810, 137.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8165, 0.0233, -0.5769), (0.033, -0.9957, -0.0869), (-0.5764, -0.09, 0.8122)16.1114, 116.8066, 10.8465
2given(-0.9199, -0.3919, 0.0091), (-0.392, 0.9197, -0.0222), (0.0003, -0.024, -0.9997)26.4721, 5.9367, 48.4987
3given(0.738, 0.3519, 0.5758), (0.3594, -0.9271, 0.1059), (0.5712, 0.1288, -0.8107)-33.3552, 107.6277, 33.962
詳細THERE IS ONE 222 HOMOTETRAMER PER ASYMMETRIC UNIT RESULTING IN NON-CRYSTALLOGRAPHIC 222 SYMMETRY WITHIN THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE) / GAPDH


分子量: 38693.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
遺伝子: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATEURCE 6 DEHYDROGENASE / プラスミド: PET-3A
遺伝子 (発現宿主): GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATEURCE 6 DEHYDROGENASE
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLYS S
参照: UniProt: Q27890, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-NBD / N6-BENZYL-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 753.548 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H33N7O14P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
解説: DUE TO LIMITED RESOLUTION ONLY RIGID BODY REFINEMENT WAS DONE.
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 2UL OF SOLUTION CONTAINING 2.25 MG L. MEXICANA GAPDH, 1MM DDT, 1MM EDTA, 1MMPMSF 0.4 MM N6-BENZYL-NAD IN 10MM TRIETHANOLAMINE BUFFER PH 7.0 WAS MIXED WITH 1UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING ...詳細: 2UL OF SOLUTION CONTAINING 2.25 MG L. MEXICANA GAPDH, 1MM DDT, 1MM EDTA, 1MMPMSF 0.4 MM N6-BENZYL-NAD IN 10MM TRIETHANOLAMINE BUFFER PH 7.0 WAS MIXED WITH 1UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 25 %PEG5000MME, 100MM TRIS PH8.0 AND EQUILIBRATED IN SITTING DROP TRAYS, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.25 mg/mlprotein1drop
21 mMdithiothreitol1drop
31 mMEDTA1drop
41 mMphenylmethylsulfonyl fluoride1drop
50.4 mMN6-benzyl-NAD+1drop
610 mMtriethanolamine1drop
725 %mPEG50001reservoir
8100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→8 Å / Num. obs: 39118 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rsym value: 13.8 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 43.3 / % possible all: 83
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
RAVEモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GYP

1gyp


最高解像度: 3.4 Å
詳細: THE LIMITED RESOLUTION DID NOT PERMIT POSITIONAL OR B-FACTOR REFINEMENT. RIGID BODY REFINEMENT WAS DONE WITH X-PLOR
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10864 0 204 0 11068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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