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- PDB-1gtz: Structure of STREPTOMYCES COELICOLOR TYPE II DEHYDROQUINASE R23A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gtz
タイトルStructure of STREPTOMYCES COELICOLOR TYPE II DEHYDROQUINASE R23A MUTANT IN COMPLEX WITH DEHYDROSHIKIMATE
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / TYPE II DEHYDROQUINASE / SHIKIMATE PATHWAY (シキミ酸経路) / DODECAMERIC QUATERNARY STRUCTURE / TETRAHEDRAL SYMMETRY AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-DEHYDROSHIKIMATE / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Krell, T. / Robinson, D.A. / Hunter, I.S. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The Structure and Mechanism of the Type II Dehydroquinase from Streptomyces Coelicolor
著者: Roszak, A.W. / Robinson, D.A. / Krell, T. / Hunter, I.S. / Fredrickson, M. / Abell, C. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
履歴
登録2002年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
D: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
E: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
F: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
G: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
H: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
I: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
J: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
K: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
L: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,38028
ポリマ－197,80212
非ポリマー2,57816
水28,4641580
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.100, 136.200, 96.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.44306, -0.73264, -0.51666), (0.8963, -0.37398, -0.2383), (-0.01863, -0.56866, 0.82236)34.18311, -8.61393, 4.32825
2given(-0.44224, 0.89656, -0.02455), (-0.73433, -0.37767, -0.56403), (-0.51496, -0.23141, 0.82539)23.23141, 24.16837, 11.9558
3given(-0.79879, 0.57817, -0.16629), (0.57312, 0.64726, -0.50259), (-0.18295, -0.49677, -0.84838)31.80264, 2.23186, 43.8085
4given(0.03599, -0.47654, 0.87842), (-0.88471, 0.39357, 0.24976), (-0.46474, -0.78614, -0.40744)-4.36874, 8.50438, 38.53534
5given(0.87266, 0.33224, -0.35788), (0.47111, -0.3799, 0.79607), (0.12853, -0.8633, -0.48804)10.02567, -24.60291, 31.05548
6given(0.87336, 0.46733, 0.13728), (0.34055, -0.38438, -0.85807), (-0.34823, 0.79615, -0.49485)-0.99157, 13.89276, 38.63177
7given(-0.45436, -0.33649, 0.82482), (0.74378, 0.36628, 0.55914), (-0.49026, 0.86753, 0.08385)4.45448, -23.58772, 27.96906
8given(-0.08636, -0.56543, -0.82026), (-0.56994, -0.64726, 0.50618), (-0.81713, 0.51122, -0.26636)35.14317, -2.36385, 40.75355
9given(0.01494, -0.89339, -0.44903), (-0.47767, 0.38815, -0.78814), (0.87841, 0.22626, -0.42095)25.48926, 25.17432, 17.83086
10given(-0.10546, -0.00852, 0.99439), (-0.009, -0.99991, -0.00953), (0.99438, -0.00995, 0.10537)-4.89023, 0.31988, 4.22976
11given(-0.45458, 0.74299, -0.49124), (-0.33232, 0.37022, 0.86747), (0.82639, 0.55758, 0.07862)33.7586, -13.94129, 7.62808

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要素

#1: タンパク質
3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE /


分子量: 16483.488 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
プラスミド: PTB-361 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15474, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-DHK / 3-DEHYDROSHIKIMATE / 3-Dehydroshikimic acid


分子量: 174.151 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: CATALYSIS VIA AN ENOLATE FOR A TRANS-DEHYDRATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
解説: DATA PROCESSED TO CORNERS OF DETECTOR THEREFORE LOW COMPLETENESS OF HIGHEST RESOLUTION SHELL
結晶化pH: 8.5
詳細: PEG 8000, SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, TRIS BUFFER, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 213906 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / % possible all: 21.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DHQ

2dhq


解像度: 1.6→45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: NONE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 -10 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs-213906 73.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13380 0 176 1580 15136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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