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- PDB-1fv3: THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH AN ANALOGUE OF IT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fv3
タイトルTHE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH AN ANALOGUE OF ITS GANGLIOSIDE RECEPTOR GT1B
要素TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
キーワードTOXIN / carbohydrate / ganglioside / multi-valent binding / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding ...tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / protein transmembrane transporter activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / metalloendopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL-TRIMETHYL-SILANE / PHOSPHATE ION / Tetanus toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium tetani (破傷風菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fotinou, C. / Emsley, P. / Black, I. / Ando, H. / Ishida, H. / Kiso, M. / Sinha, K.A. / Fairweather, N.F. / Isaacs, N.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of tetanus toxin Hc fragment complexed with a synthetic GT1b analogue suggests cross-linking between ganglioside receptors and the toxin.
著者: Fotinou, C. / Emsley, P. / Black, I. / Ando, H. / Ishida, H. / Kiso, M. / Sinha, K.A. / Fairweather, N.F. / Isaacs, N.W.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The Structures of the HC Fragment of Tetanus Toxin with Carbohydrate Subunit Complexes Provide Insight into Ganglioside Binding
著者: Emsley, P. / Fotinou, C. / Black, I. / Fairweather, N.F. / Charles, I.G. / Watts, C. / Hewitt, E. / Isaacs, N.W.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of the receptor binding fragment Hc of tetanus neurotoxin
著者: Umland, T.C. / Wingert, L.M. / Swaminathan, S. / Furey, W.F. / Schmidt, J.J. / Sax, M.
履歴
登録2000年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32016年6月8日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
B: TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4587
ポリマ－107,9962
非ポリマー3,4625
水4,342241
1
A: TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6813
ポリマ－53,9981
非ポリマー1,6842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7764
ポリマ－53,9981
非ポリマー1,7793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.311, 53.068, 118.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is monomer

-
要素

#1: タンパク質 TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN


分子量: 53997.773 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clostridium tetani (破傷風菌) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04958
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-beta-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1581.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-8DNeup5Acb2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,7,6/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2b_2-6_5*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4-5-2-4/a4-b1_b3-c2_b4-e1_c8-d2_e3-f1_f3-g2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][b-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CEQ / ETHYL-TRIMETHYL-SILANE / 2-(トリメチルシリル)エタン-1,1,1-トリイルラジカル


分子量: 102.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14Si
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The HIS TAG was not cleaved and it is not seen in the density.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 20% Polyethylene glycol 8000, sodium-potassium phosphate, TRIS, imidazole, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.8 mg/mlprotein1drop
220 %PEG40001reservoir
30.2 Mimidazole-malate1reservoirpH7.0
40.1 MTris1reservoirpH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.782
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 49658 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 166764
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 0.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.3→30 Å / SU B: 17.184 / SU ML: 0.411 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: USE OF MAXIMUM LIKELILHOOD REFINEMENT (REFMAC REFINEMENT PROGRAMM)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 1543 3.1 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.239 48094 98.3 %-
all-48094 --
原子変位パラメータBiso mean: 32.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.91 Å20 Å2-2.3 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3----3.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7296 0 233 241 7770
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rwork: 0.334
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8581-0.29630.63881.0479-0.14791.8892-0.0894-0.0792-0.1360.0357-0.04050.02320.13890.03810.12990.06230.00890.01590.10560.05070.08918.7808-8.285246.5551
21.8706-0.40711.01141.2052-0.69972.1387-0.067-0.03840.0290.0244-0.02920.0639-0.2265-0.09440.09620.05090.0083-0.04780.069-0.00540.06273.51538.084319.3561
30.641-0.0711-0.15631.3820.32191.85070.0186-0.04420.08490.14170.0844-0.0894-0.20740.1305-0.1030.1176-0.00110.02320.0557-0.02250.059757.348241.725144.4922
40.5441-0.0793-0.33451.44340.88392.5470.0240.0007-0.0014-0.04270.0698-0.1338-0.00350.1579-0.09380.01660.00510.03280.0742-0.01290.072155.217320.363516.2413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A865 - 1110
2X-RAY DIFFRACTION2A1111 - 1315
3X-RAY DIFFRACTION3B865 - 1110
4X-RAY DIFFRACTION4B1111 - 1315
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.38

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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