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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fmc | ||||||
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タイトル | 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE COMPLEX WITH NADH AND 7-OXO GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID | ||||||
![]() | 7 ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / BILE ACID CATABOLISM | ||||||
機能・相同性 | ![]() chenodeoxycholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / cholate 7-alpha-dehydrogenase activity / bile acid catabolic process / lipid catabolic process / NAD binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tanaka, N. / Nonaka, T. / Mitsui, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the binary and ternary complexes of 7 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase from Escherichia coli. 著者: Tanaka, N. / Nonaka, T. / Tanabe, T. / Yoshimoto, T. / Tsuru, D. / Mitsui, Y. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies of 7Alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase from Escherichia Coli 著者: Tanaka, N. / Nonaka, T. / Yoshimoto, T. / Tsuru, D. / Mitsui, Y. #2: ![]() タイトル: Cloning and Sequencing of the 7 Alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase Gene from Escherichia Coli Hb101 and Characterization of the Expressed Enzyme 著者: Yoshimoto, T. / Higashi, H. / Kanatani, A. / Lin, X.S. / Nagai, H. / Oyama, H. / Kurazono, K. / Tsuru, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 648.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 658.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.15963, -0.842545, -0.514428), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26801.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: LIGANDS ARE NADH AND 7-OXO GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID (CHO) 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P25529, UniProt: P0AET8*PLUS, 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop solution was prepared by mixing the protein, reservoir and detergent solutions, buffered by 100mM Tris, at the ratio of 4:3:1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年4月23日 / 詳細: BENT CYLINDER |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→76.7 Å / Num. obs: 57290 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 221323 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.1 % / Rmerge(I) obs: 0.397 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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