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- PDB-1fmc: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE COMPLEX WITH NADH AND 7-OXO ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fmc
タイトル7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE COMPLEX WITH NADH AND 7-OXO GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID
要素7 ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / BILE ACID CATABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid catabolic process / chenodeoxycholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / cholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / lipid catabolic process / NAD binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tanaka, N. / Nonaka, T. / Mitsui, Y.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal structures of the binary and ternary complexes of 7 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase from Escherichia coli.
著者: Tanaka, N. / Nonaka, T. / Tanabe, T. / Yoshimoto, T. / Tsuru, D. / Mitsui, Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies of 7Alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase from Escherichia Coli
著者: Tanaka, N. / Nonaka, T. / Yoshimoto, T. / Tsuru, D. / Mitsui, Y.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1991
タイトル: Cloning and Sequencing of the 7 Alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase Gene from Escherichia Coli Hb101 and Characterization of the Expressed Enzyme
著者: Yoshimoto, T. / Higashi, H. / Kanatani, A. / Lin, X.S. / Nagai, H. / Oyama, H. / Kurazono, K. / Tsuru, D.
履歴
登録1996年4月26日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年11月6日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7 ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
B: 7 ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8336
ポリマ－53,6032
非ポリマー2,2304
水4,360242
1
A: 7 ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
B: 7 ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: 7 ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
B: 7 ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,66612
ポリマ－107,2064
非ポリマー4,4608
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area22690 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area30510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.650, 81.650, 214.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.15963, -0.842545, -0.514428), (-0.846838, -0.150935, 0.509984), (-0.50733, 0.517046, -0.689406)
ベクター: 53.163, 53.0755, -0.2978)

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要素

#1: タンパク質 7 ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量: 26801.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LIGANDS ARE NADH AND 7-OXO GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID (CHO)
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: HB101 / 解説: COLON BACILLUS / 細胞株: CHO / プラスミド: HB101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P25529, UniProt: P0AET8*PLUS, 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-CHO / GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID


分子量: 449.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H43NO5 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was prepared by mixing the protein, reservoir and detergent solutions, buffered by 100mM Tris, at the ratio of 4:3:1.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
24 mg/mlNAD+1drop
328 %(w/v)PEG60001reservoir
4200 mMsodium acetate1reservoir
50.8 %(w/v)beta-octylglucoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年4月23日 / 詳細: BENT CYLINDER
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→76.7 Å / Num. obs: 57290 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射
*PLUS
Num. measured all: 221323
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.1 % / Rmerge(I) obs: 0.397

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 -10 %
Rwork0.207 --
obs0.207 56376 83.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 26.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3752 0 144 242 4138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.602
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.472
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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