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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fk0 | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH CAPRIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY | ||||||
要素 | NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN | ||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / protein-lipid complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Zea mays (トウモロコシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Han, G.W. / Lee, J.Y. / Song, H.K. / Shin, D.H. / Suh, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structural basis of non-specific lipid binding in maize lipid-transfer protein complexes revealed by high-resolution X-ray crystallography. 著者: Han, G.W. / Lee, J.Y. / Song, H.K. / Chang, C. / Min, K. / Moon, J. / Shin, D.H. / Kopka, M.L. / Sawaya, M.R. / Yuan, H.S. / Kim, T.D. / Choe, J. / Lim, D. / Moon, H.J. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fk0.cif.gz | 28 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fk0.ent.gz | 18.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fk0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fk0_validation.pdf.gz | 443.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fk0_full_validation.pdf.gz | 444.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fk0_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fk0_validation.cif.gz | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fk0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9062.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: P19656 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-DKA / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 3.3M Na formate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 24.5-25.5 ℃ / pH: 8.4 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.76 Å / Num. obs: 8379 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 2.79 % / Rmerge(I) obs: 0.029 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 23393 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: (PDB code:1mzl) 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.214 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |