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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f8y | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH 5-METHYL-2'-DEOXYPSEUDOURIDINE | ||||||
![]() | NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / active site / alpha/beta protein / biocatalyst / nucleoside | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside deoxyribosyltransferase / nucleotide salvage / nucleoside deoxyribosyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Armstrong, S.R. / Cook, W.J. / Short, S.A. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of nucleoside 2-deoxyribosyltransferase in native and ligand-bound forms reveal architecture of the active site. 著者: Armstrong, S.R. / Cook, W.J. / Short, S.A. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer. Each pair of monomers is related by a noncrystallographic twofold symmetry axis. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18098.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.07 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: Ammonium Sulfate, Citrate Buffer, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 21897 / Num. obs: 21897 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 101311 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→5 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→5 Å
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拘束条件 |
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