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万見
- PDB-1f8y: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f8y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH 5-METHYL-2'-DEOXYPSEUDOURIDINE
要素NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / active site / alpha/beta protein / biocatalyst / nucleoside
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside deoxyribosyltransferase / nucleotide salvage / nucleoside deoxyribosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-deoxy-1-methyl-pseudouridine / Nucleoside deoxyribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus leichmannii (乳酸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Armstrong, S.R. / Cook, W.J. / Short, S.A. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structures of nucleoside 2-deoxyribosyltransferase in native and ligand-bound forms reveal architecture of the active site.
著者: Armstrong, S.R. / Cook, W.J. / Short, S.A. / Ealick, S.E.
履歴
登録2000年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE
B: NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6814
ポリマ－36,1972
非ポリマー4842
水1,36976
1
A: NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE
B: NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE
B: NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE
B: NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,04312
ポリマ－108,5906
非ポリマー1,4536
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)149.600, 149.600, 149.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
詳細The biological assembly is a hexamer. Each pair of monomers is related by a noncrystallographic twofold symmetry axis.

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE


分子量: 18098.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lactobacillus leichmannii (乳酸菌) / 参照: UniProt: Q9R5V5, nucleoside deoxyribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-5MD / 2'-deoxy-1-methyl-pseudouridine / 5-METHYL-2'-DEOXYPSEUDOURIDINE / 5-(2-デオキシ-β-D-リボフラノシル)-1-メチルウラシル


タイプ: DNA linking / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.07 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Ammonium Sulfate, Citrate Buffer, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 mg/mlprotein1drop
25 %satammonium sulfate1drop
30.05 Mcitrate1drop
45 %satammonium sulfate1reservoir
50.05 Mcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 21897 / Num. obs: 21897 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射
*PLUS
Num. measured all: 101311

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→5 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.218 1792 RANDOM
Rwork0.16 --
obs0.16 17921 -
all-17921 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2536 0 34 76 2646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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