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- PDB-1eyn: Structure of mura liganded with the extrinsic fluorescence probe ANS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eyn
タイトルStructure of mura liganded with the extrinsic fluorescence probe ANS
要素UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / inside-out alpha-beta barrel / L-isoaspartate in position 67
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schonbrunn, E. / Eschenburg, S. / Luger, K. / Kabsch, W. / Amrhein, N.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Structural basis for the interaction of the fluorescence probe 8-anilino-1-naphthalene sulfonate (ANS) with the antibiotic target MurA.
著者: Schonbrunn, E. / Eschenburg, S. / Luger, K. / Kabsch, W. / Amrhein, N.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Comparative X-ray Analysis of the Un-liganded Fosfomycin-Target MurA
著者: Eschenburg, S. / Schonbrunn, E.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Role of the Loop Containing Residue 115 in the Induced-fit Mechanism of the Bacterial Cell Wall Biosynthetic Enzyme MurA
著者: Schonbrunn, E. / Eschenburg, S. / Krekel, F. / Luger, K. / Amrhein, N.
履歴
登録2000年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.42021年11月3日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage ...database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3134
ポリマ－44,8291
非ポリマー4843
水9,116506
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.100, 66.600, 107.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE / ENOYLPYRUVATE TRANSFERASE / EPT / MURA


分子量: 44829.406 Da / 分子数: 1 / 変異: N67D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-2AN / 8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / 8-アニリノ-1-ナフタレンスルホン酸


分子量: 299.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13NO3S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES/PEG20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mMMes/NaOH11
25 %PEG2000011
32.5 mMANS11

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.542
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.33 Å / Num. all: 1222364 / Num. obs: 49890 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 24 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 1222364
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: 1EJC

1ejc


解像度: 1.7→29.33 Å / Isotropic thermal model: Restrained / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: engh & huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1541 -random
Rwork0.18 ---
all-49890 --
obs-49568 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: Flat Model / Bsol: 85.013 Å2 / ksol: 0.4529 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.73 Å20 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---5.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3143 0 33 506 3682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.28
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 243 3 %
Rwork0.348 7750 -
obs--97.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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