[日本語] English
万見
- PDB-1evv: CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST PHENYLALANINE TRANSFER RNA AT 2.0 A RE... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1evv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF YEAST PHENYLALANINE TRANSFER RNA AT 2.0 A RESOLUTION
要素PHENYLALANINE TRANSFER RNA
キーワードRNA / TRANSFER RNA / PHENYLALANINE / PHE-TRNA / YEAST / AMINO-ACID TRANSPORT
機能・相同性SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Jovine, L. / Djordjevic, S. / Rhodes, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 2.0 A resolution: cleavage by Mg(2+) in 15-year old crystals.
著者: Jovine, L. / Djordjevic, S. / Rhodes, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1972
タイトル: High-resolution X-ray diffraction studies on a pure species of transfer RNA
著者: Ladner, J.E. / Finch, J.T. / Klug, A. / Clark, B.F.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1974
タイトル: Structure of yeast phenylalanine tRNA at 3 A resolution
著者: Robertus, J.D. / Ladner, J.E. / Finch, J.T. / Rhodes, D. / Brown, R.S. / Clark, B.F.C. / Klug, A.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1975
タイトル: Structure of yeast phenylalanine transfer RNA at 2.5 A resolution
著者: Ladner, J.E. / Jack, A. / Robertus, J.D. / Brown, R.S. / Rhodes, D. / Clark, B.F. / Klug, A.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Further refinement of the structure of yeast tRNA Phe
著者: Hingerty, B. / Brown, R.S. / Jack, A.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Restrained refinement of the monoclinic form of yeast phenylalanine transfer RNA. Temperature factors and dynamics, coordinated waters, and base-pair propeller twist angles
著者: Westhof, E. / Sundaralingam, M.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1988
タイトル: Restrained refinement of two crystalline forms of yeast aspartic acid and phenylalanine transfer RNA crystals
著者: Westhof, E. / Dumas, P. / Moras, D.
履歴
登録2000年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHENYLALANINE TRANSFER RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,33612
ポリマ－24,8901
非ポリマー44511
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.252, 32.988, 61.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.38, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: RNA鎖 PHENYLALANINE TRANSFER RNA


分子量: 24890.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces (菌類) / 属: Saccharomyces / 参照: GenBank: 176479
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: dialysis / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS GROWN AT 277 K IN 0.010 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.012 M MGCL2, 0.002 M SPERMINE, 6% 1,6-HEXANEDIOL. CRYOPROTECTION CONDITIONS: AFTER WASHING IN FRESH CRYSTALLIZATION SOLUTION FOR 10 MIN ...詳細: CRYSTALS GROWN AT 277 K IN 0.010 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.012 M MGCL2, 0.002 M SPERMINE, 6% 1,6-HEXANEDIOL. CRYOPROTECTION CONDITIONS: AFTER WASHING IN FRESH CRYSTALLIZATION SOLUTION FOR 10 MIN AND ADDITION OF 30% MPD (V/V), CRYSTALS WERE FLASH-FROZEN IN LIQUID NITROGEN, DIALYSIS, temperature 277.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1TRIS-HCL11
2MGCL211
3SPERMINE11
41,6-HEXANEDIOL11
5MGCL212
61,6-HEXANEDIOL12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mltRNA1
210 mMTris-HCl12
312 mM12MgCl2
42 mMspermine12
56 %(v/v)1,6-hexanediol1
61

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.932
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25.8 Å / Num. all: 13678 / Num. obs: 13678 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.171 / % possible all: 70.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 30638 / Rmerge(I) obs: 0.036
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.7 % / Rmerge(I) obs: 0.171

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1TRA

1tra


解像度: 2→25.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 810557.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL.
詳細: A LOW RESOLUTION LIMIT OF 6.O A WAS USED FOR INITIAL B FACTOR AND BULK SOLVENT CORRECTIONS. THE OCCUPANCY OF NUCLEOTIDE D16, AS WELL AS THOSE OF ATOMS P, O1P, O2P, O5* AND C5* OF NUCLEOTIDE ...詳細: A LOW RESOLUTION LIMIT OF 6.O A WAS USED FOR INITIAL B FACTOR AND BULK SOLVENT CORRECTIONS. THE OCCUPANCY OF NUCLEOTIDE D16, AS WELL AS THOSE OF ATOMS P, O1P, O2P, O5* AND C5* OF NUCLEOTIDE D17, WERE REFINED TO ACCOUNT FOR MG2+-CATALYSED PARTIAL CLEAVAGE OF THE TRNA BACKBONE AT EITHER SIDE OF D16. DENSITY FOR THIS PART OF THE MOLECULE WAS POOR AND ITS PLACEMENT SHOULD THEREFORE BE CONSIDERED TENTATIVE. OCCUPANCIES OF ALL MG2+ IONS, THE SPERMINE AND ALL WATER MOLECULES WERE ALSO REFINED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 926 6.8 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.227 13678 --
obs0.227 13678 88.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 113.1 Å2 / ksol: 0.468 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.86 Å20 Å23.76 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----1.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1652 24 220 1896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d12.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 101 6.6 %
Rwork0.324 1432 -
obs--70.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1TRNA_RNA.PARAMTRNA_RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2TRNA_ION.PARAMTRNA_ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TRNA_LIGAND.PARAMTRNA_LIGAND.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg12.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.413 / Rfactor Rwork: 0.34

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る