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- PDB-1evu: HUMAN FACTOR XIII WITH CALCIUM BOUND IN THE ION SITE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1evu
タイトルHUMAN FACTOR XIII WITH CALCIUM BOUND IN THE ION SITE
要素COAGULATION FACTOR XIII
キーワードTRANSFERASE / Transglutaminase / blood coagulation / calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling ...protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / : / Transglutaminase, N-terminal / Transglutaminase, C-terminal / Transglutaminase, active site / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, animal / Transglutaminase, C-terminal domain superfamily / Transglutaminase family / Transglutaminase family, C-terminal ig like domain ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / : / Transglutaminase, N-terminal / Transglutaminase, C-terminal / Transglutaminase, active site / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, animal / Transglutaminase, C-terminal domain superfamily / Transglutaminase family / Transglutaminase family, C-terminal ig like domain / Transglutaminases active site. / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Transglutaminase-like superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-1,2-PROPANEDIOL / Coagulation factor XIII A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Garzon, R.J. / Pratt, K.P. / Bishop, P.D. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tryptophan 279 is Essential for the Transglutaminase Activity of Coagulation Factor XIII: Functional and Structural Characterization
著者: Garzon, R.J. / Pratt, K.P. / Bishop, P.D. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Identification of the Calcium Binding Site and a Novel Ytterbium Site in Blood Coagulation Factor XIII by X-ray Crystallography
著者: Fox, B.A. / Yee, V.C. / Pedersen, L.C. / Le Trong, I. / Bishop, P.D. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C.
履歴
登録2000年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULATION FACTOR XIII
B: COAGULATION FACTOR XIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,7065
ポリマ－166,5502
非ポリマー1563
水20,8791159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area53710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.172, 70.764, 133.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 COAGULATION FACTOR XIII


分子量: 83274.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): ZM118
参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 24% 1,2-propanediol, 100 mM sodium potassium phosphate buffer. To incorporate Calcium, the crystals were transferred to 24% 1,2-propanediol and MES buffer and soaked for 1-2 days in 90 mM ...詳細: 24% 1,2-propanediol, 100 mM sodium potassium phosphate buffer. To incorporate Calcium, the crystals were transferred to 24% 1,2-propanediol and MES buffer and soaked for 1-2 days in 90 mM CaCl2, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20.66 Å / Num. obs: 111498 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.669 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.01→20.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2284378.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: maximum likelihood, Engh & Huber
詳細: This entry is the further refinement of the 1ggu PDB coordinates (Fox et al, 1999). The crystals of this zymogen contain 90 mM CaCl2 and diffract to 2.0 A resolution. The changes to the 1ggu ...詳細: This entry is the further refinement of the 1ggu PDB coordinates (Fox et al, 1999). The crystals of this zymogen contain 90 mM CaCl2 and diffract to 2.0 A resolution. The changes to the 1ggu model include extension of the activation peptide of subunit 1 to the N-acetyl Ser at position 1, refitting of some residues, addition and deletion of water molecules, and insertion of alternate conformations for seven residues. The purpose for the further refinement is for comparison with the W279F mutant of factor XIII
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 5532 5 %Same as 1ggu
Rwork0.208 ---
obs-110289 92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.9346 Å2 / ksol: 0.324987 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.16 Å20 Å23.11 Å2
2--7.87 Å20 Å2
3---0.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→20.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11427 0 7 1159 12593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.7
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.331.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.262
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.652
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.722.5
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 865 5.1 %
Rwork0.324 16069 -
obs--85.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CAPPING.PARAMCAPPING.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PRP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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