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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ed6 | ||||||
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タイトル | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME DOMAIN COMPLEXED WITH L-NIO (H4B FREE) | ||||||
![]() | NITRIC OXIDE SYNTHASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / HEME PROTEIN / alpha-beta fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / mitochondrion organization / response to hormone / caveola / blood coagulation / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / calmodulin binding / heme binding / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Southan, G.J. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic studies on endothelial nitric oxide synthase complexed with nitric oxide and mechanism-based inhibitors. 著者: Li, H. / Raman, C.S. / Martasek, P. / Masters, B.S. / Poulos, T.L. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Constitutive Endothelial Nitric Oxide Synthase: A Paradigm for Pterin Function 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. #2: ![]() タイトル: Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Pterin and Substrate 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN (RESIDUES 39-482) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 386分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/ILO.gif)
![](data/chem/img/CAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/ILO.gif)
![](data/chem/img/CAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 4000, cacodylate, magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Raman, C.S., (1998) Cell (Cambridge,Mass.), 95, 939. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 56488 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.769 / % possible all: 88.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 149515 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.05→32.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2356127.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: RESIDUES 108-120 ARE DISORDERED, BUT THE TENTATIVE MODEL WAS INCLUDED IN THE REFINEMENT.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.26 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→32.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 48.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.438 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.427 |