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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1000000 | ||||||
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タイトル | Porcine Odorant Binding Protein Complexed with 5-methyl-2-(1-methylethyl)phenol | ||||||
要素 | ODORANT-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | ODORANT BINDING PROTEIN / LIPOCALINS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 odorant binding / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SUS SCROFA (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.12 Å | ||||||
データ登録者 | Vincent, F. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Tegoni, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Complexes of Porcine Odorant Binding Protein with Odorant Molecules Belonging to Different Chemical Classes 著者: Vincent, F. / Spinelli, S. / Ramoni, R. / Grolli, S. / Pelosi, P. / Cambillau, C. / Tegoni, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e06.cif.gz | 73.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e06.ent.gz | 55.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e06.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1e06_validation.pdf.gz | 450.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1e06_full_validation.pdf.gz | 455.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1e06_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1e06_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/1e06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/1e06 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.15613, -0.18642, 0.96998), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17721.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: NOSE / 組織: OLFACTORY EPITHELIUM / 参照: UniProt: P81245 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, AND 5% ISOPROPANOL, pH 7.80 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→24 Å / Num. obs: 23430 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.15 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.068 / % possible all: 99.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.029 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.168 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.12→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 100 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: N-TERMINUS FROM RESIDUE 1 TO 8, IN SUBUNIT A AND 1 - 10 IN SUBUNIT B, ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, DUE TO FLEXIBILITY. OFTEN, OCCUPANCY VALUES LOWER THAN 1.0 APPEARED TO JUSTIFY ...詳細: N-TERMINUS FROM RESIDUE 1 TO 8, IN SUBUNIT A AND 1 - 10 IN SUBUNIT B, ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, DUE TO FLEXIBILITY. OFTEN, OCCUPANCY VALUES LOWER THAN 1.0 APPEARED TO JUSTIFY BETTER THE ELECTRON DENSITY. FOR THIS REASON WE HAVE KEPT THIS LOW OCCUPANCY FOR SEVERAL SIDE CHAIN ATOMS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.12→2.17 Å / Total num. of bins used: 15 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 19759 / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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