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万見
- PDB-1dy8: Inhibition of the Hepatitis C Virus NS3/4A Protease. The Crystal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dy8
タイトルInhibition of the Hepatitis C Virus NS3/4A Protease. The Crystal Structures of Two Protease-Inhibitor Complexes (inhibitor II)
要素
  • NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
  • PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE / PROTEASE INHIBITION / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein-DNA complex / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b ...Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBZ-ILE-LEU-FKI, peptide inhibitor / Chem-0F7 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Di Marco, S. / Rizzi, M. / Volpari, C. / Walsh, M. / Narjes, F. / Colarusso, S. / De Francesco, R. / Matassa, V.G. / Sollazzo, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Inhibition of the Hepatitis C Virus Ns3/4A Protease the Crystal Structures of Two Protease-Inhibitor Complexes
著者: Di Marco, S. / Rizzi, M. / Volpari, C. / Walsh, M. / Narjes, F. / Colarusso, S. / De Francesco, R. / Matassa, V.G. / Sollazzo, M.
履歴
登録2000年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32014年3月12日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62019年7月10日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.72019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.82023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS AB AND BB IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS AB AND BB IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
B: PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
C: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
D: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9266
ポリマ－42,8714
非ポリマー1,0552
水1,71195
1
A: PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
C: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9633
ポリマ－21,4362
非ポリマー5281
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-23.7 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PQS
2
B: PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
D: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9633
ポリマ－21,4362
非ポリマー5281
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-24.8 kcal/mol
Surface area10200 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.820, 93.820, 80.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.61778, -0.78633, -0.00579), (-0.78633, -0.6178, 0.00145), (-0.00472, 0.00365, -0.99998)
ベクター: 1.14603, -13.45, 13.95992)

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要素

#1: タンパク質 PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)


分子量: 19749.553 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEASE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ISOLATE TAIWAN) (C型肝炎ウイルス)
解説: CDNA OF HEPATITIS C VIRUS / 遺伝子: HCV / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q81755, UniProt: P26662*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質・ペプチド NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4)


分子量: 1686.097 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 956-967 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ISOLATE TAIWAN) (C型肝炎ウイルス)
解説: CDNA OF HEPATITIS C VIRUS / 遺伝子: HCV / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81755, UniProt: P26662*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-0F7 / N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-isoleucyl-N-[(1R)-1-(carboxycarbonyl)-3,3-difluoropropyl]-L-leucinamide / Cbz-L-Ile-L-Leu-[(3S)-2-オキソ-3-(2,2-ジフルオロエチル)-βAla-]-OH


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 527.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H35F2N3O7 / 参照: CBZ-ILE-LEU-FKI, peptide inhibitor
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GENOME POLYPROTEIN, ID POLG_HCVJA_7, PROTEASE NS3 GENOME POLYPROTEIN, ID POLG_HCVJA_8, ...GENOME POLYPROTEIN, ID POLG_HCVJA_7, PROTEASE NS3 GENOME POLYPROTEIN, ID POLG_HCVJA_8, NONSTRUCTURAL PROTEIN THE SWISSPROT ENTRY POLG_HCVJA GIVES A FULL DESCRIPTION OF THE GENOME POLYPROTEIN FROM HEPATITIS C VIRUS (ISOLATE JAPANESE) THAT CONTAINS THE FOLLOWING MATURE PROTEINS PRODUCED BY POST-TRANSLATIONAL PROCESSING - CAPSID PROTEIN C (CORE PROTEIN) (P22); ENVELOPE GLYCOPROTEIN E1 (GP32) (GP35); ENVELOPE GLYCOPROTEIN E2 (GP68) (GP70) (NS1); PROTEIN P7; NONSTRUCTURAL PROTEIN NS2 (P21) (EC 3.4.22.*); PROTEASE/HELICASE NS3 (P70) (EC 3.4.21.*); NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4); NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4B (P27); NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5A (P56); NONSTRUCTURAL PROTEIN NS5B (P66) (P70) (RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE) (EC 2.7.7.48)]. HOWEVER, THE SWISSPROT ENTRY Q81755 (ISOLATE TAIWANESE) IS A 100% MATCH TO THE NS3 PROTEIN STUDIED HERE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: THE NS3 PROTEIN (1MG/ML) WAS INCUBATE AT 4C WITH THE NS4A COFACTOR PEPTIDE, CONTAINING A SOLUBIZING LYSINE TAG AT ITS N- AND C-TERMINI(KGSVVIVGRIILSGRK), AT A MOLAR RATIO OF 1:2 AND ...詳細: THE NS3 PROTEIN (1MG/ML) WAS INCUBATE AT 4C WITH THE NS4A COFACTOR PEPTIDE, CONTAINING A SOLUBIZING LYSINE TAG AT ITS N- AND C-TERMINI(KGSVVIVGRIILSGRK), AT A MOLAR RATIO OF 1:2 AND CONCENTRATED TO 290 MICROMOLAR. NS3J/4A CRYSTAL WITH A MAXIMUM SIZE OF 0.6 X 0.3 X 0.2 MM**3, WERE OBTAINED BY BOTH HANGING- AND SITTING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHODS AFTER TW WEEKS AT ROOM TEMPERATURE, WITH 3.4 M NACL, 10MM DTT, 0.1 M CITR BUFFER PH 5.1. THE TERNARY COMPLEX WITH INHIBITOR WAS PREPARED B ADDING 2.5 MM OF INIBITOR TO CRYSTALS THAT WERE STABILISED IN 4.5 M NACL, 10 MM DTT, 0.1 M CITRATE BUFFER, PH 5.1., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.4 M1reservoirNaCl
24.8 mMcyclohexyl-pentyl-beta-D-maltoside1reservoir
35 mMdithiothreitol1reservoir
40.02 %1reservoirNaN3
50.1 Mcitrate1reservoir
64.5 M1dropNaCl
710 mMdithiothreitol1drop
80.1 Mcitrate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.194
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.194 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 15872 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 40.68 Å2 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.425 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 55295 / Rmerge(I) obs: 0.137
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.425

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DY7

1dy7


解像度: 2.4→20 Å / SU B: 4.58 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 788 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.216 15872 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 74 95 2903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it4.983
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it6.615
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it10.16
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it10.528
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.120.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.210.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2840.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2330.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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