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- PDB-1dl8: CRYSTAL STRUCTURE OF 5-F-9-AMINO-(N-(2-DIMETHYLAMINO)ETHYL)ACRIDI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dl8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 5-F-9-AMINO-(N-(2-DIMETHYLAMINO)ETHYL)ACRIDINE-4-CARBOXAMIDE BOUND TO D(CGTACG)2
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / INTERCALATION / ACRIDINE
機能・相同性Chem-DA7 / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Adams, A. / Guss, J.M. / Collyer, C.A. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2000
タイトル: Acridinecarboxamide topoisomerase poisons: structural and kinetic studies of the DNA complexes of 5-substituted 9-amino-(N-(2-dimethylamino)ethyl)acridine-4-carboxamides.
著者: Adams, A. / Guss, J.M. / Collyer, C.A. / Denny, W.A. / Prakash, A.S. / Wakelin, L.P.
履歴
登録1999年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4623
ポリマ－1,8091
非ポリマー6532
水39622
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9246
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,3054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.140, 30.140, 39.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP64

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-DA7 / 5-FLUORO-9-AMINO-(N-(2-DIMETHYLAMINO)ETHYL)ACRIDINE-4-CARBOXAMIDE


分子量: 326.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19FN4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: MPD, SODIUM CACODYLATE, SPERMINE, NACL, MGCL2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2SPERMINE11
3NACL11
4MGCL211
5MPD11
6MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
13.3 %MPD1drop
213.3 mMsodium cacodylate1drop
34 mMspermine tetrahydrochloride1drop
426.7 mM1dropNaCl
56.7 mM1dropMgCl2
60.8 mMDNA1dropdouble-stranded
71.6 mMprotein1drop
835 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 3022 / Num. obs: 3006 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 14.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 36.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / % possible all: 97.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: NDB ID DD0015

解像度: 1.55→16 Å / Num. parameters: 755 / Num. restraintsaints: 1032 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2694 248 8.3 %RANDOM
Rwork0.2139 ---
all0.2159 2978 --
obs0.2139 2978 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER: J.MOL.BIOL. 91(1973) 201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 1 / Occupancy sum non hydrogen: 174.38
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 120 48 22 190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8.3 % / Rfactor Rfree: 0.2615
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.10.057

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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