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- PDB-1djr: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH M-CARBOXYPHENYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1djr
タイトルHEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH M-CARBOXYPHENYL-ALPHA-D-GALACTOSE
要素HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
キーワードTOXIN / AB5 TOXINS / CELL RECOGNITION / SIX-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / alpha-D-galactopyranose / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Minke, W.E. / Pickens, J. / Merritt, E.A. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Structure of m-carboxyphenyl-alpha-D-galactopyranoside complexed to heat-labile enterotoxin at 1.3 A resolution: surprising variations in ligand-binding modes.
著者: Minke, W.E. / Pickens, J. / Merritt, E.A. / Fan, E. / Verlinde, C.L. / Hol, W.G.
履歴
登録1999年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,58116
ポリマ－59,0385
非ポリマー1,54311
水14,538807
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16120 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.368, 95.040, 67.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / LT


分子量: 11807.539 Da / 分子数: 5 / 断片: B PENTAMER / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE / 解説: PORCINE ESCHERICHIA COLI, PLASMID EWD299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P32890
#2: 糖
ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細different binding modes for the ligand in the five binding sites

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.5
詳細: PEG 6000, NaCl, Tris-HCl, pH 7.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: three-layer capillary method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
142 %PEG600011
2100 mMTris-HCl11
3200 mMMCPG12
4100 mMTris-HCl12
53.6 mg/mlprotein13
6200 mM13NaCl
71 mMEDTA13
83 mMazide13
950 mMTris-HCl13

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月16日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: SI311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. all: 127782 / Num. obs: 127782 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 9.382 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 12229 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 837038
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LT5

1lt5


解像度: 1.3→20 Å / Num. parameters: 45729 / Num. restraintsaints: 54312 / 交差検証法: FREE R / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.189 6479 RANDOM
Rwork0.134 --
all0.137 127740 -
obs0.137 127740 -
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1975)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 20 / Occupancy sum hydrogen: 4171 / Occupancy sum non hydrogen: 5018
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4106 0 105 807 5018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.1
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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