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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dib | ||||||
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タイトル | HUMAN METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE / CYCLOHYDROLASE COMPLEXED WITH NADP AND INHIBITOR LY345899 | ||||||
![]() | METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE/CYCLOHYDROLASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HYDROLASE / DEHYDROGENASE / CYCLOHYDROLASE / NADP / INHIBITOR / ROSSMANN FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylenetetrahydrofolate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / serine family amino acid biosynthetic process / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / purine ribonucleotide biosynthetic process / serine family amino acid metabolic process / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / embryonic neurocranium morphogenesis ...methylenetetrahydrofolate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / serine family amino acid biosynthetic process / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / purine ribonucleotide biosynthetic process / serine family amino acid metabolic process / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / embryonic neurocranium morphogenesis / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / embryonic viscerocranium morphogenesis / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine metabolic process / somite development / Metabolism of folate and pterines / methionine biosynthetic process / transsulfuration / neutrophil homeostasis / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / neural tube closure / one-carbon metabolic process / heart development / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Schmidt, A. / Wu, H. / MacKenzie, R.E. / Chen, V.J. / Bewly, J.R. / Ray, J.E. / Toth, J.E. / Cygler, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of three inhibitor complexes provide insight into the reaction mechanism of the human methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase. 著者: Schmidt, A. / Wu, H. / MacKenzie, R.E. / Chen, V.J. / Bewly, J.R. / Ray, J.E. / Toth, J.E. / Cygler, M. #1: ![]() タイトル: The 3-D Structure of a Folate-Dependent Dehydrogenase/Cyclohydrolase Bifunctional Enzyme at 1.5 A Resolution 著者: Allaire, M. / Li, Y. / MacKenzie, R.E. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | DC301 forms dimers, the two monomers (chains A and B) being related by a noncrystallographic twofold axis in the crystal structure. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33338.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11586, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-L34 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PEG 3350, GLYCEROL, SODIUM CITRATE, AMMONIUM ACETATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: protein/inhibitor ratio is 1:10 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 15688 / Num. obs: 15688 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.74 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / % possible all: 95.9 |
反射 | *PLUS 冗長度: 6 % / Num. measured all: 185463 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.207 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |