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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dfo | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE AT 2.4 ANGSTROM RESOLUTION OF E. COLI SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH GLYCINE AND 5-FORMYL TETRAHYDROFOLATE | ||||||
要素 | SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALPHA PLP ASPARTATE / AMINO TRANSFERASE / (AAT)-LIKE FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycine catabolic process / L-allo-threonine aldolase activity / L-serine catabolic process / L-serine biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding ...glycine catabolic process / L-allo-threonine aldolase activity / L-serine catabolic process / L-serine biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Scarsdale, J.N. / Radaev, S. / Kazanina, G. / Schirch, V. / Wright, H.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure at 2.4 A resolution of E. coli serine hydroxymethyltransferase in complex with glycine substrate and 5-formyl tetrahydrofolate. 著者: Scarsdale, J.N. / Radaev, S. / Kazanina, G. / Schirch, V. / Wright, H.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dfo.cif.gz | 326.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dfo.ent.gz | 266.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dfo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dfo_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dfo_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1dfo_validation.xml.gz | 65.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dfo_validation.cif.gz | 86.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/1dfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/1dfo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45372.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 株 (発現宿主): GS1993 (GLYA-, PHEA905, DELTA LACU169,STRA,THI, DELTAGLYA::MU, RECA-) 参照: UniProt: P0A825, glycine hydroxymethyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-PLG / #3: 化合物 | ChemComp-FFO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2 詳細: 2M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Stover, P., (1993) J.Mol.Biol., 230, 1094. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→91 Å / Num. all: 93964 / Num. obs: 93782 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.41→2.49 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 1 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 83968 / % possible obs: 89 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78 % / Mean I/σ(I) obs: 1.22 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1937647.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.55 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 73994 / Num. reflection Rfree: 8242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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