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- PDB-1dfo: CRYSTAL STRUCTURE AT 2.4 ANGSTROM RESOLUTION OF E. COLI SERINE HY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dfo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE AT 2.4 ANGSTROM RESOLUTION OF E. COLI SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH GLYCINE AND 5-FORMYL TETRAHYDROFOLATE
要素SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ALPHA PLP ASPARTATE / AMINO TRANSFERASE / (AAT)-LIKE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine catabolic process / L-allo-threonine aldolase activity / L-serine biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion ...glycine catabolic process / L-allo-threonine aldolase activity / L-serine biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / membrane / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FFO / Chem-PLG / Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Scarsdale, J.N. / Radaev, S. / Kazanina, G. / Schirch, V. / Wright, H.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure at 2.4 A resolution of E. coli serine hydroxymethyltransferase in complex with glycine substrate and 5-formyl tetrahydrofolate.
著者: Scarsdale, J.N. / Radaev, S. / Kazanina, G. / Schirch, V. / Wright, H.T.
履歴
登録1999年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
B: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
C: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
D: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,60912
ポリマ－181,4904
非ポリマー3,1198
水6,990388
1
A: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
B: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3046
ポリマ－90,7452
非ポリマー1,5594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10940 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
2
C: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
D: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3046
ポリマ－90,7452
非ポリマー1,5594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10780 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.460, 172.240, 95.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE / SHMT / SERINE METHYLASE


分子量: 45372.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): GS1993 (GLYA-, PHEA905, DELTA LACU169,STRA,THI, DELTAGLYA::MU, RECA-)
参照: UniProt: P0A825, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 306.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7P
#3: 化合物
ChemComp-FFO / N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / [6S]-5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE / 6S-FOLINIC ACID / l-ロイコボリン


分子量: 473.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 2M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Stover, P., (1993) J.Mol.Biol., 230, 1094.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 %satpotassium phosphate1drop
230-50 mg/mlenzyme1drop
340 %satpotassium phosphate1reservoir
4PEG4001reservoiror glycerol or 1,2,3-heptanetriol

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→91 Å / Num. all: 93964 / Num. obs: 93782 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.41→2.49 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 1 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 83968 / % possible obs: 89 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78 % / Mean I/σ(I) obs: 1.22

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1937647.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 8284 10 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 82807 88 %-
all-93980 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.55 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7 Å20 Å20.11 Å2
2---6.77 Å20 Å2
3---5.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12620 0 196 388 13204
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it23.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it21.312.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 1069 10.1 %
Rwork0.283 9498 -
obs--67.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PLP.PARPLP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PATCH_PLP.PARPATCH_PLP.TOP
X-RAY DIFFRACTION5FFO.PARFFO.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 73994 / Num. reflection Rfree: 8242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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