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- PDB-1dd6: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dd6
タイトルIMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPLEX WITH A MERCAPTOCARBOXYLATE INHIBITOR
要素IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / METALLO BETA-LACTAMASE INHIBITOR / MERCAPTOCARBOXYLATE INHIBITOR / IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MCI / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Concha, N.O. / Janson, C.A. / Rowling, P. / Pearson, S. / Cheever, C.A. / Clarke, B.P. / Lewis, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Payne, D.J. ...Concha, N.O. / Janson, C.A. / Rowling, P. / Pearson, S. / Cheever, C.A. / Clarke, B.P. / Lewis, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Payne, D.J. / Bateson, J.H. / Abdel-Meguid, S.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the IMP-1 metallo beta-lactamase from Pseudomonas aeruginosa and its complex with a mercaptocarboxylate inhibitor: binding determinants of a potent, broad-spectrum inhibitor.
著者: Concha, N.O. / Janson, C.A. / Rowling, P. / Pearson, S. / Cheever, C.A. / Clarke, B.P. / Lewis, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Payne, D.J. / Bateson, J.H. / Abdel-Meguid, S.S.
履歴
登録1999年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.percent_possible_obs
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
B: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5109
ポリマ－50,2932
非ポリマー1,2177
水6,125340
1
A: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8035
ポリマ－25,1471
非ポリマー6564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7074
ポリマ－25,1471
非ポリマー5603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.3, 51.2, 203.3
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE


分子量: 25146.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P52699, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MCI / (2-MERCAPTOMETHYL-4-PHENYL-BUTYRYLIMINO)-(5-TETRAZOL-1-YLMETHYL-THIOPHEN-2-YL)-ACETIC ACID / MERCAPTOCARBOXYLATE INHIBITOR


分子量: 429.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N5O3S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SITTING DROPS WERE PREPARED BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN WHICH WAS 14 MG/ ML IN 20MM HEPES, PH 7.5 AND TO WHICH AN EXCESS OF SOLID INHIBITOR HAD BEEN ADDED AND RESERVOIR SOLUTION (30% ...詳細: SITTING DROPS WERE PREPARED BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN WHICH WAS 14 MG/ ML IN 20MM HEPES, PH 7.5 AND TO WHICH AN EXCESS OF SOLID INHIBITOR HAD BEEN ADDED AND RESERVOIR SOLUTION (30% PEG 2000 MONOMETHYLETHER, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 5.0 AND 0.2M AMMONIUM SULFATE). THIS MIXTURE WAS INCUBATED OVERNIGHT AT 4C AND CENTRIFUGED TO REMOVE PRECIPITATE BEFORE SETTING UP CRYSTALLIZATION DROPS. CO-CRYSTALS WERE GROWN FROM 6 ML SITTING DROPS OF THE PROTEIN-RESERVOIR SOLUTION AND 0.3 ML OF THE RESERVOIR SOLUTION AT EITHER ROOM TEMPERATURE OR 4C, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
Temp details: 293-295
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.5
330 %PEG MME20001reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoirpH5.6
50.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU RU30011.54
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1997年4月21日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1998年11月11日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
21.11
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 35656 / Num. obs: 545270 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
Num. obs: 34187 / % possible obs: 95.9 % / Num. measured all: 545270
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3355 -RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 33702 94.1 %-
all-35831 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 0 72 340 3804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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