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- PDB-1d7o: CRYSTAL STRUCTURE OF BRASSICA NAPUS ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d7o
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BRASSICA NAPUS ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE COMPLEXED WITH NAD AND TRICLOSAN
要素ENOYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE (NADH) PRECURSOR
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRICLOSAN / ENOYL REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRICLOSAN / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH], chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica napus (セイヨウアブラナ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Roujeinikova, A. / Levy, C. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. ...Roujeinikova, A. / Levy, C. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B. / Pauptit, R.A. / Viner, R. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystallographic analysis of triclosan bound to enoyl reductase.
著者: Roujeinikova, A. / Levy, C.W. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B. / Pauptit, ...著者: Roujeinikova, A. / Levy, C.W. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B. / Pauptit, R.A. / Viner, R. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Common themes in redox chemistry emerge from the X-ray structure of oil seed rape (Brassica napus) enoyl acyl carrier protein reductase
著者: Rafferty, J.B. / Simon, J.W. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Fawsett, T. / Rice, D.W.
履歴
登録1999年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE (NADH) PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3473
ポリマ－31,3951
非ポリマー9532
水1,58588
1
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE (NADH) PRECURSOR
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE (NADH) PRECURSOR
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE (NADH) PRECURSOR
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE (NADH) PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,39012
ポリマ－125,5784
非ポリマー3,8128
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area23950 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area37410 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.5, 70.5, 118.0
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 ENOYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE (NADH) PRECURSOR


分子量: 31394.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brassica napus (セイヨウアブラナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P80030, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン


分子量: 289.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7Cl3O2 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlenzyme1drop
210 mM1dropNaPO4
31 mMdithiothreitol1drop
40.15 Mnucleotide1reservoir
52.0 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 MHEPES/NaOH1reservoir
7NAD+1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 23195 / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 98
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Num. unique obs: 1547

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→10 Å /
RfactorSelection details
Rfree0.225 5% RANDOM
Rwork0.162 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 0 61 88 2322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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