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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cwq | ||||||||||||
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タイトル | M INTERMEDIATE STRUCTURE OF THE WILD TYPE BACTERIORHODOPSIN IN COMBINATION WITH THE GROUND STATE STRUCTURE | ||||||||||||
![]() | BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE) | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Sass, H.J. / Berendzen, J. / Neff, D. / Gessenich, R. / Ormos, P. / Bueldt, G. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural alterations for proton translocation in the M state of wild-type bacteriorhodopsin. 著者: Sass, H.J. / Buldt, G. / Gessenich, R. / Hehn, D. / Neff, D. / Schlesinger, R. / Berendzen, J. / Ormos, P. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 26888.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SCHIFF BASE LINKAGE BETWEEN LYS 216 (NZ) AND RET 601 (C15) DIETHER LIPID BILAYER 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞内の位置: TRANSMEMBRANE ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 198分子 ![](data/chem/img/RET.gif)
![](data/chem/img/UND.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
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![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/HEX.gif)
![](data/chem/img/TRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-UND / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-OCT / ![]() #5: 化合物 | ChemComp-HEX / ![]() #6: 化合物 | ChemComp-TRD / ![]() #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
構成要素の詳細 | THE ENTRY CONTAINS THE COORDINATES OF THE M INTERMEDIATE (CHAIN B + LIPID RESIDUES 1604-1624 AND ...THE ENTRY CONTAINS THE COORDINATE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 解説: TWINNING OF 38% | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 5.6 / 詳細: CUBIC LIPID PHASE 2.5M PHOSPHATE, pH 5.60 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.6 / 手法: cubic lipid phase詳細: Landau, E.M., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 93, 14532. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 10792 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 22.16 Å2 / Rsym value: 8.2 / Net I/σ(I): 12.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 32.8 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.082 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: THE TWIN RATIO OF 0.38 WAS CONSTANT DURING THE REFINEMENT.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 138.6 Å2 / ksol: 0.264 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / Total num. of bins used: 10
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 13 Å / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rfree![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor Rwork: 0.195 |