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Yorodumi- PDB-6lm1: The crystal structure of cyanorhodopsin (CyR) N4075R from cyanoba... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lm1 | ||||||
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Title | The crystal structure of cyanorhodopsin (CyR) N4075R from cyanobacteria Tolypothrix sp. NIES-4075 | ||||||
Components | Rhodopsin | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Bacterial type rhodopsin RETINAL CELL-FREE SYNTHESIS / Cyanobacteria | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Tolypothrix sp. NIES-4075 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2020 Title: A unique clade of light-driven proton-pumping rhodopsins evolved in the cyanobacterial lineage. Authors: Hasegawa, M. / Hosaka, T. / Kojima, K. / Nishimura, Y. / Nakajima, Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Sudo, Y. / Yoshizawa, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6lm1.cif.gz | 294.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6lm1.ent.gz | 239 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6lm1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6lm1_validation.pdf.gz | 13.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6lm1_full_validation.pdf.gz | 13.6 MB | Display | |
Data in XML | 6lm1_validation.xml.gz | 31.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6lm1_validation.cif.gz | 42.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/6lm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/6lm1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6lm0C 1c3wS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 28251.426 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tolypothrix sp. NIES-4075 (bacteria) / Gene: NIES4075_41530 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A218QMM7 |
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-Non-polymers , 10 types, 258 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-HEX / #5: Chemical | ChemComp-OCT / #6: Chemical | ChemComp-D10 / #7: Chemical | ChemComp-D12 / #8: Chemical | ChemComp-R16 / #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase Details: 0.1M sodium-acetate (pH5.0), 450mM Magnesium nitrate, 28% PEG 500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 24, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→49.7 Å / Num. obs: 129542 / % possible obs: 82.6 % / Redundancy: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1396532 / Scaling rejects: 55 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1C3W Resolution: 1.9→45.479 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.11 Å2 / Biso mean: 36.8638 Å2 / Biso min: 15.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→45.479 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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