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- PDB-6lm1: The crystal structure of cyanorhodopsin (CyR) N4075R from cyanoba... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lm1 | ||||||
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Title | The crystal structure of cyanorhodopsin (CyR) N4075R from cyanobacteria Tolypothrix sp. NIES-4075 | ||||||
![]() | Rhodopsin | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Bacterial type rhodopsin RETINAL CELL-FREE SYNTHESIS / Cyanobacteria | ||||||
Function / homology | ![]() : / photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: A unique clade of light-driven proton-pumping rhodopsins evolved in the cyanobacterial lineage. Authors: Hasegawa, M. / Hosaka, T. / Kojima, K. / Nishimura, Y. / Nakajima, Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Sudo, Y. / Yoshizawa, S. | ||||||
History |
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Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 239 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 13.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 13.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6lm0C ![]() 1c3wS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 28251.426 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 10 types, 258 molecules ![](data/chem/img/RET.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
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![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-HEX / #5: Chemical | ChemComp-OCT / #6: Chemical | ChemComp-D10 / #7: Chemical | ChemComp-D12 / #8: Chemical | ChemComp-R16 / #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase Details: 0.1M sodium-acetate (pH5.0), 450mM Magnesium nitrate, 28% PEG 500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 24, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→49.7 Å / Num. obs: 129542 / % possible obs: 82.6 % / Redundancy: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1396532 / Scaling rejects: 55 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1C3W Resolution: 1.9→45.479 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.55 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.11 Å2 / Biso mean: 36.8638 Å2 / Biso min: 15.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→45.479 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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