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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cjx | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDOMONAS FLUORESCENS HPPD | ||||||
![]() | 4-HYDROXYPHENYLPYRUVATE DIOXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Iron | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Serre, L. / Sailland, A. / Sy, D. / Boudec, P. / Rolland, A. / Pebay-Peroulla, E. / Cohen-Addad, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Pseudomonas fluorescens 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase: an enzyme involved in the tyrosine degradation pathway. 著者: Serre, L. / Sailland, A. / Sy, D. / Boudec, P. / Rolland, A. / Pebay-Peyroula, E. / Cohen-Addad, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 294.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 240.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 412 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40094.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P80064, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-EMC / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 18-25 % PEG 4000 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M CITRATE, PH 5.6 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1996年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 64393 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 8 / Net I/σ(I): 41.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→3 Å / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 14.3 / % possible all: 86.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 283368 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |