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- PDB-1cd2: LIGAND INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES IN THE CRYSTAL STRUCTURES O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cd2
タイトルLIGAND INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES IN THE CRYSTAL STRUCTURES OF PNEUMOCYSTIS CARINII DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXES WITH FOLATE AND NADP+
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASEジヒドロ葉酸レダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ONE-CARBON METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine biosynthetic process / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
葉酸 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / ジヒドロ葉酸レダクターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Pneumocystis carinii (ニューモシスチス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Blakley, R.L. / Gangjee, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Ligand-induced conformational changes in the crystal structures of Pneumocystis carinii dihydrofolate reductase complexes with folate and NADP+.
著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Rak, D. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Queener, S.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Comparison of ternary complexes of Pneumocystis carinii and wild-type human dihydrofolate reductase with coenzyme NADPH and a novel classical antitumor furo[2,3-d]pyrimidine antifolate.
著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Gangjee, A. / Devraj, R. / Queener, S.F. / Blakley, R.L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Methotrexate-resistant variants of human dihydrofolate reductase with substitutions of leucine 22. Kinetics, crystallography, and potential as selectable markers.
著者: Lewis, W.S. / Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Chunduru, S.K. / Spencer, H.T. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Methotrexate-resistant variants of human dihydrofolate reductase. Effects of Phe31 substitutions.
著者: Chunduru, S.K. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L.
#4: ジャーナル: Anti-Cancer Drug Des. / 年: 1992
タイトル: Crystal structure determination at 2.3 A of recombinant human dihydrofolate reductase ternary complex with NADPH and methotrexate-gamma-tetrazole.
著者: Cody, V. / Luft, J.R. / Ciszak, E. / Kalman, T.I. / Freisheim, J.H.
履歴
登録1999年3月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1033
ポリマ－23,9191
非ポリマー1,1852
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.465, 43.131, 61.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / DHFR


分子量: 23918.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH NADP+ AND FOLATE
由来: (組換発現) Pneumocystis carinii (ニューモシスチス)
プラスミド: PT7-7 / 遺伝子 (発現宿主): C-DNA P.CARINII DHFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16184, ジヒドロ葉酸レダクターゼ
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸 / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化pH: 6
詳細: 10 ML PROTEIN, 1 MICROLITER 50MM MES, PH 6.5, 100MM KCL, 9 ML 50%(W/W)PEG 2K., pH 6.00
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: unknown / 詳細: temperature gradient
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 %(w/v)PEG2000110.007ml
250 mMMES11
3100 mM11KCl
4protein110.010ml
5MES/KCl110.003ml

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→8 Å / Num. obs: 10428 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.09 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 2.18→2.2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 33.3 / % possible all: 90.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.94 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.09 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DYR

1dyr


解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.198 --
obs-10428 96.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1686 0 80 74 1840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0270.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0660.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.070.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.061.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.5861.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.9361
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.5271.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.240.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2430.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2710.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.270.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.13
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor21.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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