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- PDB-1bgg: GLUCOSIDASE A FROM BACILLUS POLYMYXA COMPLEXED WITH GLUCONATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bgg
タイトルGLUCOSIDASE A FROM BACILLUS POLYMYXA COMPLEXED WITH GLUCONATE
要素BETA-GLUCOSIDASE A
キーワードFAMILY 1 BETA-GLUCOSIDASE COMPLEX / GLYCOSYL-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-gluconic acid / Beta-glucosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus polymyxa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J. / Martinez-Ripoll, M. / Polaina, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of beta-glucosidase A from Bacillus polymyxa: insights into the catalytic activity in family 1 glycosyl hydrolases.
著者: Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J.A. / Martinez-Ripoll, M. / Lequerica, J.L. / Polaina, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of a Type I Beta-Glucosidase Encoded by the Bgia Gene of Bacillus Polymyxa
著者: Sanz-Aparicio, J. / Romero, A. / Martinez-Ripoll, M. / Madarro, A. / Flors, A. / Polaina, J.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1992
タイトル: Purification and Characterization of a Bacillus Polymyxa Beta-Glucosidase Expressed in Escherichia Coli
著者: Painbeni, E. / Valles, S. / Polaina, J. / Flors, A.
履歴
登録1997年5月12日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_close_contact / software / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _software.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月2日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE A
B: BETA-GLUCOSIDASE A
C: BETA-GLUCOSIDASE A
D: BETA-GLUCOSIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,3837
ポリマ－206,7954
非ポリマー5883
水26,9141494
1
A: BETA-GLUCOSIDASE A
B: BETA-GLUCOSIDASE A
C: BETA-GLUCOSIDASE A
D: BETA-GLUCOSIDASE A
ヘテロ分子

A: BETA-GLUCOSIDASE A
B: BETA-GLUCOSIDASE A
C: BETA-GLUCOSIDASE A
D: BETA-GLUCOSIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,76614
ポリマ－413,5908
非ポリマー1,1776
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)205.850, 205.850, 155.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.003894, -0.999992, 0.000619), (0.999987, -0.003892, 0.003321), (-0.003319, 0.000632, 0.999994)100.8596, -0.2334, 0.0763
2given(-0.999922, 0.003197, -0.012054), (-0.00323, -0.999991, 0.002769), (-0.012045, 0.002808, 0.999924)101.4297, 100.3949, 0.2175
3given(-0.001264, 0.999915, -0.012957), (-0.999998, -0.001283, -0.001452), (-0.001468, 0.012955, 0.999915)1.0074, 100.8103, -0.791

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要素

#1: タンパク質
BETA-GLUCOSIDASE A / BGA


分子量: 51698.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus polymyxa (バクテリア)
遺伝子: BGLA / プラスミド: PUC DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 (DE3) / 参照: UniProt: P22073, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-GCO / D-gluconic acid / GLUCONIC ACID / グルコン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 196.155 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化手法: co-crystallization / pH: 8.3
詳細: COMPLEX WAS OBTAINED BY CO-CRYSTALLIZATION, 5 MICRO-L BGLA (14 MG/ML) / 5 MICRO-L 10MM LIGAND / 5 MICRO-L PP 1.3M, PH 8.3, co-crystallization
結晶化
*PLUS
手法: co-crystallization
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
21.3 Mphosphate1drop
1inhibitor1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 176 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / タイプ: LURE / 波長: 0.983
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→31.4 Å / Num. obs: 146539 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 840221 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843モデル構築
X-PLOR3.843精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.843位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 1BGA

1bga


解像度: 2.3→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 -7 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 107900 75.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14576 0 55 1494 16125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.56
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.01
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.38
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 -7 %
Rwork0.24 10518 -
obs--66 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 14576
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.01
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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