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万見
- PDB-1b7a: STRUCTURE OF THE PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE-BINDING PROTEIN FROM BO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b7a
タイトルSTRUCTURE OF THE PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE-BINDING PROTEIN FROM BOVINE BRAIN
要素PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE-BINDING PROTEIN
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP2K and MAPK activation / Negative regulation of MAPK pathway / negative regulation of MAPK cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity / lipid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylethanolamine-binding, conserved site / Phosphatidylethanolamine-binding protein family signature. / Phosphatidylethanolamine-binding Protein / PEBP-like / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / Phosphatidylethanolamine-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Serre, L. / Vallee, B. / Bureaud, N. / Schoentgen, F. / Zelwer, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the phosphatidylethanolamine-binding protein from bovine brain: a novel structural class of phospholipid-binding proteins.
著者: Serre, L. / Vallee, B. / Bureaud, N. / Schoentgen, F. / Zelwer, C.
履歴
登録1999年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE-BINDING PROTEIN
B: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0494
ポリマ－41,7672
非ポリマー2822
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.200, 77.160, 107.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.97096, -0.23875, -0.01506), (-0.23266, 0.92782, 0.29157), (-0.05564, 0.28661, -0.95643)
ベクター: 57.20056, -2.06845, 59.80603)

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE-BINDING PROTEIN / PEBP


分子量: 20883.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P13696
#2: 化合物 ChemComp-OPE / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / COLAMINE PHOSPHORIC ACID / ホスホエタノ-ルアミン


分子量: 141.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H8NO4P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE OPE MOLECULES HAVE TWO CONFORMATIONS
配列の詳細GLY: THE SIDE CHAIN OF THE C-TERMINAL LYS186 WAS NOT SEEN I THE ELECTRON DENSITY MAP AND WAS ...GLY: THE SIDE CHAIN OF THE C-TERMINAL LYS186 WAS NOT SEEN I THE ELECTRON DENSITY MAP AND WAS REFINED AS GLYCINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 4.3
詳細: 25-27% PEG8000, 100 MM PHOSPHORYLETHANOLAMINE, pH 4.3
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2PEG 800012
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
32 mMdithiothreitol1drop
425-27 %PEG80001reservoir
5100 mMphosphorylethanolamine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→29 Å / Num. obs: 16450 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 4.9 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.41 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Rsym value: 10.6 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A44

1a44


解像度: 2.25→12.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1625 10 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all-16289 --
obs-16289 90 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→12.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2949 0 32 164 3145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0420.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0420.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8552
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.7993
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.4932
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.8313
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0338
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.140.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1850.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2580.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor25.820
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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