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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b66 | ||||||
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タイトル | 6-PYRUVOYL TETRAHYDROPTERIN SYNTHASE | ||||||
![]() | 6-PYRUVOYL TETRAHYDROPTERIN SYNTHASE | ||||||
![]() | TETRAHYDROBIOPTERIN BIOSYNTHESIS / PHOSPHATE ELIMINATION / PTERINE SYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase activity / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ploom, T. / Thoeny, B. / Yim, J. / Lee, S. / Nar, H. / Leimbacher, W. / Huber, R. / Richardson, J. / Auerbach, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic and kinetic investigations on the mechanism of 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase. 著者: Ploom, T. / Thony, B. / Yim, J. / Lee, S. / Nar, H. / Leimbacher, W. / Richardson, J. / Huber, R. / Auerbach, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 390.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 394.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.383926, 0.923363, -0.001366), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15875.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 器官: LIVER / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9.2 / 詳細: pH 9.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 40302 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 28 Å / Num. measured all: 156350 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.413 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1GTQ 解像度: 1.9→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.7
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 1.14 Å2 / Rms dev position: 0.16 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / Rfactor Rfree: 0.338 / Rfactor obs: 0.329 |