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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b4h | ||||||
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タイトル | OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH LYSYL-DIAMINOBUTYRIC ACID-LYSINE | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PERIPLASMIC PEPTIDE BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Davies, T.G. / Tame, J.R.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes. 著者: Davies, T.G. / Hubbard, R.E. / Tame, J.R. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: The Crystal Structures of the Oligopeptide-Binding Protein Oppa Complexed with Tripeptide and Tetrapeptide Ligands 著者: Tame, J.R. / Dodson, E.J. / Murshudov, G. / Higgins, C.F. / Wilkinson, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b4h.cif.gz | 123.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b4h.ent.gz | 94.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58878.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: OPPA_SALTY, UniProt: P06202*PLUS | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 376.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-U1 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE SOLVENT STRUCTURE AROUND THE URANIUM IONS IS TENTATIVE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 47784 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 47784 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 221800 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.19 / 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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