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万見
- PDB-1b33: STRUCTURE OF LIGHT HARVESTING COMPLEX OF ALLOPHYCOCYANIN ALPHA AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b33
タイトルSTRUCTURE OF LIGHT HARVESTING COMPLEX OF ALLOPHYCOCYANIN ALPHA AND BETA CHAINS/CORE-LINKER COMPLEX AP*LC7.8
要素
  • (ALLOPHYCOCYANIN, ...) x 2
  • PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LIGHT-HARVESTING PROTEIN / CYANOBACTERIA / ALLOPHYCOCYANIN / LINKER POLYPEPTIDES / COMPLEX STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / phycobilisome / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker chain (domain) / Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Allophycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit ...Allophycocyanin linker chain (domain) / Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Allophycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Dna Ligase; domain 1 / Globin-like / Globin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / BORATE ION / PHYCOCYANOBILIN / Allophycocyanin alpha chain / Allophycocyanin beta chain / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
類似検索 - 構成要素
生物種Mastigocladus laminosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Reuter, W. / Wiegand, G. / Huber, R. / Than, M.E.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Structural analysis at 2.2 A of orthorhombic crystals presents the asymmetry of the allophycocyanin-linker complex, AP.LC7.8, from phycobilisomes of Mastigocladus laminosus.
著者: Reuter, W. / Wiegand, G. / Huber, R. / Than, M.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Isolation, Crystallization, Crystal Structure Analysis and Refinement of Allophycocyanin from the Cyanobacterium Spirulina Platensis at 2.3 A Resolution
著者: Brejc, K. / Ficner, R. / Huber, R. / Steinbacher, S.
#2: ジャーナル: Hoppe-Seyler's Z.Physiol.Chem. / 年: 1984
タイトル: Minor Polypeptides from the Cyanobacterium Mastigocladus Laminosus
著者: Fueglistaller, P. / Ruembli, R. / Suter, F. / Zuber, H.
#3: ジャーナル: Hoppe-Seyler's Z.Physiol.Chem. / 年: 1981
タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Both Subunits of Allophycocyanin, a Light Harvesting Protein-Pigment Complex from the Cyanobacterium Mastigocladus Laminosus
著者: Sidler, W. / Gysi, J. / Isker, E. / Zuber, H.
履歴
登録1998年12月15日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
B: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
C: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
D: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
E: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
F: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
N: PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE
H: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
I: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
J: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
K: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
L: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
M: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
O: PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,12730
ポリマ－222,75914
非ポリマー7,36816
水24,2121344
1
A: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
B: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
C: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
D: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
E: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
F: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
N: PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,05715
ポリマ－111,3807
非ポリマー3,6788
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25910 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area39170 Å2
手法PISA
2
H: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
I: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
J: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
K: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
L: ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
M: ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
O: PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,07015
ポリマ－111,3807
非ポリマー3,6908
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25480 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area39160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.120, 151.900, 137.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

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ALLOPHYCOCYANIN, ... , 2種, 12分子 ACEHJLBDFIKM

#1: タンパク質
ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN


分子量: 17138.398 Da / 分子数: 6 / 断片: ALPHA CHAINS / 由来タイプ: 天然
詳細: LONG TIME LABORATORY CULTURE, ADAPTED TO LOW TEMPERATURE
由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 細胞株: PCC 7603 / 細胞内の位置: CYTOPLASM, PHYCOBILISOME CORE / 参照: UniProt: P00315
#2: タンパク質
ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN


分子量: 17403.822 Da / 分子数: 6 / 断片: BETA CHAINS / 由来タイプ: 天然
詳細: LONG TIME LABORATORY CULTURE, ADAPTED TO LOW TEMPERATURE
由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 細胞株: PCC 7603 / 細胞内の位置: CYTOPLASM, PHYCOBILISOME CORE / 参照: UniProt: P00318

-
タンパク質 , 1種, 2分子 NO

#3: タンパク質 PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE / ALLOPHYCOCYANIN-ASSOCIATED / CORE (LC 7.8) / APC / AP 664 / AP*LC8.9 / AP*LC10 / LC8.9 / LC10


分子量: 7753.017 Da / 分子数: 2 / 断片: PEPTIDE LINKER / 由来タイプ: 天然
詳細: LONG TIME LABORATORY CULTURE, ADAPTED TO LOW TEMPERATURE
由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 細胞株: PCC 7603 / 細胞内の位置: CYTOPLASM, PHYCOBILISOME CORE / 参照: UniProt: P20116

-
非ポリマー , 4種, 1360分子

#4: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#5: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#6: 化合物
ChemComp-BO4 / BORATE ION


分子量: 78.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH4O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 7.9 / 詳細: pH 7.9
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 27 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
2640 mM1reservoircan be replaced by 360mM MgSO4Li2SO4
38 %(w/v)PEG60001reservoiror 6%(w/v)
424 mMTris-boric1reservoiror 18mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.06
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 180426 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.77 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.318 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 637968 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.318

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ALL

1all


解像度: 2.3→25 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: OCCUPANCY AND B-FACTOR ARE SET TO ZERO FOR ALL ATOMS, THAT ARE NOT DEFINED IN THE FINAL 2FO-FC ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 -4.82 %20 THIN SHELLS
Rwork0.211 ---
obs0.211 180369 96.48 %-
all-180369 --
原子変位パラメータBiso mean: 34.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15622 0 536 1344 17502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.806
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d17.92
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.373
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3246 451 4.87 %
Rwork0.3074 6773 -
obs--76.96 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.82 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg17.92
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.373
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.3074

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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