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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b33 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF LIGHT HARVESTING COMPLEX OF ALLOPHYCOCYANIN ALPHA AND BETA CHAINS/CORE-LINKER COMPLEX AP*LC7.8 | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / LIGHT-HARVESTING PROTEIN / CYANOBACTERIA / ALLOPHYCOCYANIN / LINKER POLYPEPTIDES / COMPLEX STRUCTURE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reuter, W. / Wiegand, G. / Huber, R. / Than, M.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis at 2.2 A of orthorhombic crystals presents the asymmetry of the allophycocyanin-linker complex, AP.LC7.8, from phycobilisomes of Mastigocladus laminosus. 著者: Reuter, W. / Wiegand, G. / Huber, R. / Than, M.E. #1: ![]() タイトル: Isolation, Crystallization, Crystal Structure Analysis and Refinement of Allophycocyanin from the Cyanobacterium Spirulina Platensis at 2.3 A Resolution 著者: Brejc, K. / Ficner, R. / Huber, R. / Steinbacher, S. #2: ![]() タイトル: Minor Polypeptides from the Cyanobacterium Mastigocladus Laminosus 著者: Fueglistaller, P. / Ruembli, R. / Suter, F. / Zuber, H. #3: ![]() タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Both Subunits of Allophycocyanin, a Light Harvesting Protein-Pigment Complex from the Cyanobacterium Mastigocladus Laminosus 著者: Sidler, W. / Gysi, J. / Isker, E. / Zuber, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 434.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 356.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 75.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-ALLOPHYCOCYANIN, ... , 2種, 12分子 ACEHJLBDFIKM
#1: タンパク質 | 分子量: 17138.398 Da / 分子数: 6 / 断片: ALPHA CHAINS / 由来タイプ: 天然 詳細: LONG TIME LABORATORY CULTURE, ADAPTED TO LOW TEMPERATURE 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 17403.822 Da / 分子数: 6 / 断片: BETA CHAINS / 由来タイプ: 天然 詳細: LONG TIME LABORATORY CULTURE, ADAPTED TO LOW TEMPERATURE 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 NO
#3: タンパク質 | 分子量: 7753.017 Da / 分子数: 2 / 断片: PEPTIDE LINKER / 由来タイプ: 天然 詳細: LONG TIME LABORATORY CULTURE, ADAPTED TO LOW TEMPERATURE 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 1360分子 ![](data/chem/img/BLA.gif)
![](data/chem/img/CYC.gif)
![](data/chem/img/BO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CYC.gif)
![](data/chem/img/BO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CYC / #6: 化合物 | ChemComp-BO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.9 / 詳細: pH 7.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 27 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.06 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 180426 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.77 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.318 / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 637968 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.318 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ALL 解像度: 2.3→25 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: OCCUPANCY AND B-FACTOR ARE SET TO ZERO FOR ALL ATOMS, THAT ARE NOT DEFINED IN THE FINAL 2FO-FC ELECTRON DENSITY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Total num. of bins used: 20
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.3074 |