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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b0d | ||||||
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タイトル | Structural effects of monovalent anions on polymorphic lysozyme crystals | ||||||
要素 | LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE / O-GLYCOSYL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Vaney, M.C. / Broutin, I. / Retailleau, P. / Lafont, S. / Hamiaux, C. / Prange, T. / Ries-Kautt, M. / Ducruix, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Structural effects of monovalent anions on polymorphic lysozyme crystals. 著者: Vaney, M.C. / Broutin, I. / Retailleau, P. / Douangamath, A. / Lafont, S. / Hamiaux, C. / Prange, T. / Ducruix, A. / Ries-Kautt, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Refinement of Triclinic Hen Egg-White Lysozyme at Atomic Resolution 著者: Walsh, M.A. / Schneider, T.R. / Sieker, L.C. / Dauter, Z. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Structures of Monoclinic Lysozyme Iodide at 1.6 Ang. and of Triclinic Lysozyme Nitrate at 1.1 Ang 著者: Steinrauf, L.K. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Locations of Bromide Ions in Tetragonal Lysozyme Crystals 著者: Lim, K. / Nadarajah, A. / Forsythe, E.L. / Pusey, M.L. #4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: High-Resolution Structure (1.33 Ang.) Of a Hewl Lysozyme Tetragonal Crystal Grown in the Apcf Apparatus. Data and Structural Comparison with a Crystal Grown Under Microgravity from Spachab-01 Mission 著者: Vaney, M.C. / Maignan, S. / Ries-Kautt, M. / Ducruix, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b0d.cif.gz | 39.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b0d.ent.gz | 27 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b0d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b0d_validation.pdf.gz | 429.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b0d_full_validation.pdf.gz | 429.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1b0d_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b0d_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/1b0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/1b0d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 組織: EGG WHITE / 参照: UniProt: P00698, lysozyme |
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#2: 化合物 | ChemComp-TSU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: THE CRYSTAL WAS OBTAINED IN PRESENCE OF NAPTS WITH A FINAL PROTEIN CONCENTRATION OF 40.5 MG/ML IN HANGING DROPS USING VAPOR DIFFUSION METHOD. THE EQUILIBRATION AT 291K WAS DONE AGAINST A ...詳細: THE CRYSTAL WAS OBTAINED IN PRESENCE OF NAPTS WITH A FINAL PROTEIN CONCENTRATION OF 40.5 MG/ML IN HANGING DROPS USING VAPOR DIFFUSION METHOD. THE EQUILIBRATION AT 291K WAS DONE AGAINST A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 90 MM NAPTS, 50 MM SODIUM ACETATE ADJUSTED AT PH 4.5., vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月1日 |
放射 | プロトコル: MONOCHROMATIC / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→13.5 Å / Num. obs: 10462 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.135 / % possible all: 85.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 10484 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.8 % / Rmerge(I) obs: 0.135 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.84→14 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: SOME OF THE SIDE CHAIN ATOMS OF RESIDUES ARG 61, ARG 73, ASN 77, LYS 97, ASP 101, ASN 103, GLN 121 AND ARG 125 HAVE A POORLY DEFINED DENSITY. THESE ATOMS WERE BUILT USING STEREOCHEMICAL ...詳細: SOME OF THE SIDE CHAIN ATOMS OF RESIDUES ARG 61, ARG 73, ASN 77, LYS 97, ASP 101, ASN 103, GLN 121 AND ARG 125 HAVE A POORLY DEFINED DENSITY. THESE ATOMS WERE BUILT USING STEREOCHEMICAL CONSTRAINTS AND KEPT IN THE COORDINATE FILE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.84→1.92 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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