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- PDB-1apm: 2.0 ANGSTROM REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC SUBUNIT O... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1apm
タイトル2.0 ANGSTROM REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE COMPLEXED WITH A PEPTIDE INHIBITOR AND DETERGENT
要素
  • PEPTIDE INHIBITOR PKI(5-24)
  • cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
キーワードTRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Regulation of insulin secretion ...spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Regulation of insulin secretion / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / RET signaling / Ion homeostasis / Mitochondrial protein degradation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of cellular respiration / regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / cAMP-dependent protein kinase activity / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase complex / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / mesoderm formation / sperm flagellum / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to glucagon stimulus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / small GTPase binding / mRNA processing / presynapse / manganese ion binding / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / postsynapse / dendritic spine / regulation of cell cycle / protein kinase activity / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OCTANE / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Knighton, D.R. / Bell, S.M. / Zheng, J. / Teneyck, L.F. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: 2.0 A refined crystal structure of the catalytic subunit of cAMP-dependent protein kinase complexed with a peptide inhibitor and detergent.
著者: Knighton, D.R. / Bell, S.M. / Zheng, J. / Ten Eyck, L.F. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of cAMP-Dependent Protein Kinase Complexed with Mg/ATP and Peptide Inhibitor
著者: Zheng, J. / Knighton, D.R. / Teneyck, L.F. / Karlsson, R. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J. / Teneyck, L.F. / Ashford, V.A. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Structure of a Peptide Inhibitor Bound to the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J. / Teneyck, L.F. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Expression of the Catalytic Subunit of C/AMP-Dependent Protein Kinase in Escherichia Coli
著者: Slice, L.W. / Taylor, S.S.
履歴
登録1993年1月18日処理サイト: BNL
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
I: PEPTIDE INHIBITOR PKI(5-24)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0623
ポリマ－42,9482
非ポリマー1141
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.840, 75.760, 81.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES SER E 10, THR E 197, AND SER E 338 ARE PHOSPHORYLATED.
2: ARG E 56 AND ARG I 18 HAVE TWO MODELED SIDE-CHAIN CONFORMATIONS.

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要素

#1: タンパク質 cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE


分子量: 40721.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P05132, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE INHIBITOR PKI(5-24)


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63248
#3: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細INHIBITOR RESIDUE NUMBERING CORRESPONDS TO NUMBERS FROM THE SEQUENCE OF THE LARGER NATURALLY ...INHIBITOR RESIDUE NUMBERING CORRESPONDS TO NUMBERS FROM THE SEQUENCE OF THE LARGER NATURALLY OCCURRING PKI PROTEIN OF WHICH THE INHIBITOR IS A SYNTHETIC FRAGMENT. THE MODEL HAS AN N-OCTANE RESIDUE (OCT) THAT IS USED TO MODEL THE THE ORDERED PART OF A MEGA-8 (OCTANOYL-N- METHYLGLUCAMIDE) DETERGENT MOLECULE OBSERVED NEAR THE N-TERMINAL HELIX.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Zheng, J., (1992) Acta Crystallogr., B48, 241. / PH range low: 8.3 / PH range high: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
2150 mMammonium acetate1drop
310 mM2-mercaptoethanol1drop
410 mMdithiothreitol1drop
510 mMdithiothreitol1reservoir
68 %(w/v)PEG4001reservoir
715 %(v/v)methanol1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / Num. obs: 30428 / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.0561

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→30 Å / Rfactor Rwork: 0.186 / σ(F): 0
詳細: RESIDUES E 51-E 55, E 319-E 322, AND I 23-I 24 HAVE WEAK BACKBONE ELECTRON DENSITY.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2860 0 8 207 3075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: XPLOR/TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.186 / 最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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