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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ai3 | ||||||
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タイトル | ORBITAL STEERING IN THE CATALYTIC POWER OF ENZYMES: SMALL STRUCTURAL CHANGES WITH LARGE CATALYTIC CONSEQUENCES | ||||||
要素 | ISOCITRATE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (NAD(A)-CHOH(D)) / NADP / PHOSPHORYLATION / GLYOXYLATE BYPASS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / tricarboxylic acid cycle / electron transport chain / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Stoddard, B.L. / Mesecar, A. / Koshland Junior, D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: Orbital steering in the catalytic power of enzymes: small structural changes with large catalytic consequences. 著者: Mesecar, A.D. / Stoddard, B.L. / Koshland Jr., D.E. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Determinants of Cofactor Specificity in Isocitrate Dehydrogenase: Structure of an Engineered Nadp+--> Nad+ Specificity-Reversal Mutant 著者: Hurley, J.H. / Chen, R. / Dean, A.M. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Structure of Isocitrate Dehydrogenase with Isocitrate, Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate, and Calcium at 2.5-A Resolution: A Pseudo-Michaelis Ternary Complex 著者: Stoddard, B.L. / Dean, A. / Koshland Junior, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ai3.cif.gz | 98.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ai3.ent.gz | 78.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ai3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1ai3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1ai3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45809.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: DEK2004 / プラスミド: PICD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08200, isocitrate dehydrogenase (NADP+) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDO / |
#3: 化合物 | ChemComp-ICT / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.4 / 手法: unknown詳細: Hurley, J.H., (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 86, 8635. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: TORROIDAL MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 62143 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 198342 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ISO 解像度: 1.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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