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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ai2 | |||||||||
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タイトル | ISOCITRATE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH ISOCITRATE, NADP+, AND CALCIUM (FLASH-COOLED) | |||||||||
![]() | ISOCITRATE DEHYDROGENASE | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (NAD(A)-CHOH(D)) / NADP / PHOSPHORYLATION / GLYOXYLATE BYPASS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / tricarboxylic acid cycle / electron transport chain / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stoddard, B.L. / Mesecar, A. / Koshland Junior, D.E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Orbital steering in the catalytic power of enzymes: small structural changes with large catalytic consequences. 著者: Mesecar, A.D. / Stoddard, B.L. / Koshland Jr., D.E. #1: ![]() タイトル: Determinants of Cofactor Specificity in Isocitrate Dehydrogenase: Structure of an Engineered Nadp+--> Nad+ Specificity-Reversal Mutant 著者: Hurley, J.H. / Chen, R. / Dean, A.M. #2: ![]() タイトル: Structure of Isocitrate Dehydrogenase with Isocitrate, Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate, and Calcium at 2.5-A Resolution: A Pseudo-Michaelis Ternary Complex 著者: Stoddard, B.L. / Dean, A. / Koshland Junior, D.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45809.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-ICA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.37 % 解説: RESIDUES MUTATED IN 1ISO CHANGED BACK TO WILD TYPE SEQUENCE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.4 / 手法: unknown詳細: Hurley, J.H., (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 86, 8635. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 63007 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.14 / % possible all: 92 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 183903 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ISO 解像度: 1.9→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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