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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ahb | ||||||
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タイトル | THE N-GLYCOSIDASE MECHANISM OF RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS IMPLIED BY CRYSTAL STRUCTURES OF ALPHA-MOMORCHARIN | ||||||
要素 | ALPHA-MOMORCHARIN | ||||||
キーワード | GLYCOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Momordica charantia (ゴーヤ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, J. / Wang, Y. / Dong, Y. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: The N-glycosidase mechanism of ribosome-inactivating proteins implied by crystal structures of alpha-momorcharin. 著者: Ren, J. / Wang, Y. / Dong, Y. / Stuart, D.I. #1: ジャーナル: Daresbury Lab.[Rep.]Dl/Sci/R / 年: 1992 タイトル: Molecular Replacement Studies of Alpha-Momorcharin (in: Proceedings of the Ccp4 Study Weekend: Molecular Replacement, Edited by E.J.Dodson, S.Gover,W.Wolf) 著者: Ren, J. / Wang, Y. / Dong, Y. / Stuart, D.I. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Crystals of Alpha-Momorcharin, a New Ribosome-Inactivating Protein 著者: Feng, Z. / Li, W.W. / Yeung, H.W. / Chen, S. / Wang, Y. / Lin, X. / Dong, Y. / Wang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ahb.cif.gz | 62.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ahb.ent.gz | 46.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ahb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ahb_validation.pdf.gz | 442.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ahb_full_validation.pdf.gz | 446.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ahb_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ahb_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/1ahb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/1ahb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27396.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.65 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 10409 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 11153 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 59.3 % / Num. unique obs: 2018 / Num. measured obs: 2453 / Rmerge(I) obs: 0.094 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.175 / Rfactor obs: 0.175 / 最高解像度: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.175 / Rfactor Rwork: 0.175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.89 |