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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19467 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of RyR1 in detergent in open state in complex with Ca2+, ATP, caffeine and Nb9657. | ||||||||||||
マップデータ | composite map | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Ion channel / Ca2+ / tetramer / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / organelle membrane / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis ...ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / organelle membrane / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / toxic substance binding / voltage-gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / skeletal muscle fiber development / striated muscle contraction / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / release of sequestered calcium ion into cytosol / muscle contraction / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / sarcoplasmic reticulum / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Vicugna pacos (アルパカ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Li C / Efremov RG | ||||||||||||
資金援助 | ベルギー, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024 タイトル: Rapid small-scale nanobody-assisted purification of ryanodine receptors for cryo-EM. 著者: Chenyao Li / Katrien Willegems / Tomasz Uchański / Els Pardon / Jan Steyaert / Rouslan G Efremov / 要旨: Ryanodine receptors (RyRs) are large Ca release channels residing in the endoplasmic or sarcoplasmic reticulum membrane. Three isoforms of RyRs have been identified in mammals, the disfunction of ...Ryanodine receptors (RyRs) are large Ca release channels residing in the endoplasmic or sarcoplasmic reticulum membrane. Three isoforms of RyRs have been identified in mammals, the disfunction of which has been associated with a series of life-threatening diseases. The need for large amounts of native tissue or eukaryotic cell cultures limits advances in structural studies of RyRs. Here, we report a method that utilizes nanobodies to purify RyRs from only 5 mg of total protein. The purification process, from isolated membranes to cryo-EM grade protein, is achieved within 4 h on the bench, yielding protein usable for cryo-EM analysis. This is demonstrated by solving the structures of rabbit RyR1, solubilized in detergent, reconstituted into lipid nanodiscs or liposomes, and bovine RyR2 reconstituted in nanodisc, and mouse RyR2 in detergent. The reported method facilitates structural studies of RyRs directed toward drug development and is useful in cases where the amount of starting material is limited. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19467.map.gz | 132 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19467-v30.xml emd-19467.xml | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19467_fsc.xml | 11.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19467.png | 71.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19467.cif.gz | 9.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19467 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19467 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19467_validation.pdf.gz | 558.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19467_full_validation.pdf.gz | 557.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19467_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19467_validation.cif.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19467 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19467 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rrwMC 8rrsC 8rrtC 8rruC 8rrvC 8rrxC 8rs0C 19502 19507 M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19467.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | composite map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.49 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Ryanodine receptor 1 complex with nanobody and FKBP12
+超分子 #1: Ryanodine receptor 1 complex with nanobody and FKBP12
+超分子 #2: Ryanodine receptor 1 in complex with FKBP12
+超分子 #3: Nanobody 9657
+分子 #1: Ryanodine receptor 1
+分子 #2: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
+分子 #3: Nanobody 9657
+分子 #4: ZINC ION
+分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #6: CAFFEINE
+分子 #7: CALCIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |