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万見
- EMDB-1933: wt Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV)capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1933
タイトルwt Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV)capsid
マップデータ3D structure of wt VP1 RHDV capsid
試料
  • 試料: RHDV wild type VP1 Virus Like Particle
  • ウイルス: Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
キーワードcage design / molecular switch / protein engineering / structural polymorphism / virus assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell endoplasmic reticulum / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity ...calicivirin / host cell endoplasmic reticulum / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. ...: / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Capsid structural protein VP60
類似検索 - 構成要素
生物種Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.3 Å
データ登録者Luque D / Gonzalez JM / Gomez-Blanco J / Marabini R / Chichon J / Mena I / Angulo I / Carrascosa JL / Verdaguer N / Trus BL ...Luque D / Gonzalez JM / Gomez-Blanco J / Marabini R / Chichon J / Mena I / Angulo I / Carrascosa JL / Verdaguer N / Trus BL / Barcena J / Caston JR
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Epitope insertion at the N-terminal molecular switch of the rabbit hemorrhagic disease virus T = 3 capsid protein leads to larger T = 4 capsids.
著者: Daniel Luque / José M González / Josué Gómez-Blanco / Roberto Marabini / Javier Chichón / Ignacio Mena / Iván Angulo / José L Carrascosa / Nuria Verdaguer / Benes L Trus / Juan ...著者: Daniel Luque / José M González / Josué Gómez-Blanco / Roberto Marabini / Javier Chichón / Ignacio Mena / Iván Angulo / José L Carrascosa / Nuria Verdaguer / Benes L Trus / Juan Bárcena / José R Castón /
要旨: Viruses need only one or a few structural capsid proteins to build an infectious particle. This is possible through the extensive use of symmetry and the conformational polymorphism of the structural ...Viruses need only one or a few structural capsid proteins to build an infectious particle. This is possible through the extensive use of symmetry and the conformational polymorphism of the structural proteins. Using virus-like particles (VLP) from rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) as a model, we addressed the basis of calicivirus capsid assembly and their application in vaccine design. The RHDV capsid is based on a T=3 lattice containing 180 identical subunits (VP1). We determined the structure of RHDV VLP to 8.0-Å resolution by three-dimensional cryoelectron microscopy; in addition, we used San Miguel sea lion virus (SMSV) and feline calicivirus (FCV) capsid subunit structures to establish the backbone structure of VP1 by homology modeling and flexible docking analysis. Based on the three-domain VP1 model, several insertion mutants were designed to validate the VP1 pseudoatomic model, and foreign epitopes were placed at the N- or C-terminal end, as well as in an exposed loop on the capsid surface. We selected a set of T and B cell epitopes of various lengths derived from viral and eukaryotic origins. Structural analysis of these chimeric capsids further validates the VP1 model to design new chimeras. Whereas most insertions are well tolerated, VP1 with an FCV capsid protein-neutralizing epitope at the N terminus assembled into mixtures of T=3 and larger T=4 capsids. The calicivirus capsid protein, and perhaps that of many other viruses, thus can encode polymorphism modulators that are not anticipated from the plane sequence, with important implications for understanding virus assembly and evolution.
履歴
登録2011年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年7月29日-
マップ公開2012年7月25日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.47
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.47
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3zue
  • 表面レベル: 3.47
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3zue
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1933.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1933.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D structure of wt VP1 RHDV capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 219 pix.
= 613.2 Å		2.8 Å/pix.
x 219 pix.
= 613.2 Å		2.8 Å/pix.
x 219 pix.
= 613.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.47 / ムービー #1: 3.47
最小 - 最大-5.75334597 - 13.10889912
平均 (標準偏差)0.29486144 (±1.60530484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-109-109-109
サイズ219219219
Spacing219219219
セルA=B=C: 613.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z219219219
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z613.200613.200613.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-109-109-109
NC/NR/NS219219219
D min/max/mean-5.75313.1090.295

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RHDV wild type VP1 Virus Like Particle

全体名称: RHDV wild type VP1 Virus Like Particle
要素
  • 試料: RHDV wild type VP1 Virus Like Particle
  • ウイルス: Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)

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超分子 #1000: RHDV wild type VP1 Virus Like Particle

超分子名称: RHDV wild type VP1 Virus Like Particle / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1
分子量理論値: 10.8 MDa

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超分子 #1: Rabbit hemorrhagic disease virus

超分子名称: Rabbit hemorrhagic disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 11976 / 生物種: Rabbit hemorrhagic disease virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 60 KDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 400 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6 / 詳細: 200 mM Na2PO4, 100 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were applied to grids, blotted and plunged into liquid ethane
グリッド詳細: R 2/2 Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 116 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping & amplitude decay
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 5011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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