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- EMDB-19128: Structure of human eIF3 core from closed 48S translation initiati... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19128
タイトルStructure of human eIF3 core from closed 48S translation initiation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met-mRNA
    • 複合体: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met
      • タンパク質・ペプチド: x 17種
      • RNA: x 1種
    • 複合体: mRNA
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードRIBOSOME / TRANSLATION / initiation / 48S / eIF / human / eukaryotic / factor / codon / scanning / open / reading
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex ...positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation / mRNA cap binding / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of RNA splicing / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translation regulator activity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytosolic ribosome / Mitotic Prometaphase / laminin binding / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / negative regulation of translational initiation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation initiation factor binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / translation initiation factor activity / 90S preribosome / erythrocyte differentiation / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of translation / translational initiation / RHO GTPases Activate Formins / PML body / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / fibrillar center / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / rRNA processing / Separation of Sister Chromatids / metallopeptidase activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / cytosolic small ribosomal subunit / ubiquitinyl hydrolase 1 / microtubule / cysteine-type deubiquitinase activity / cytoplasmic translation / postsynaptic density / cell differentiation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / cadherin binding / translation / focal adhesion / mRNA binding / synapse / chromatin / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / : / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S11 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Zinc-binding ribosomal protein / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS15 ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Petrychenko V / Yi S-H / Liedtke D / Peng BZ / Rodnina MV / Fischer N
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)Leibniz-Preis ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for translational control by the human 48S initiation complex from codon scanning toward subunit joining
著者: Petrychenko V / Yi S-H / Liedtke D / Peng BZ / Rodnina MV / Fischer N
履歴
登録2023年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19128.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-15.71841 - 34.833424000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000012867 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 278.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19128_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met-mRNA

全体名称: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met-mRNA
要素
  • 複合体: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met-mRNA
    • 複合体: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
      • RNA: 18S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein SA
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3a
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
    • 複合体: mRNA
      • RNA: mRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met-mRNA

超分子名称: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met-mRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19

+
超分子 #2: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met

超分子名称: Human 48S initiation complex 40S-eIF1-eIF1A-eIF2-eIF3-tRNA-Met
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #6-#19
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: mRNA

超分子名称: mRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.083619 KDa
配列文字列: MAMFEQMRAN VGKLLKGIDR YNPENLATLE RYVETQAKEN AYDLEANLAV LKLYQFNPAF FQTTVTAQIL LKALTNLPHT DFTLCKCMI DQAHQEERPI RQILYLGDLL ETCHFQAFWQ ALDENMDLLE GITGFEDSVR KFICHVVGIT YQHIDRWLLA E MLGDLSDS ...文字列:
MAMFEQMRAN VGKLLKGIDR YNPENLATLE RYVETQAKEN AYDLEANLAV LKLYQFNPAF FQTTVTAQIL LKALTNLPHT DFTLCKCMI DQAHQEERPI RQILYLGDLL ETCHFQAFWQ ALDENMDLLE GITGFEDSVR KFICHVVGIT YQHIDRWLLA E MLGDLSDS QLKVWMSKYG WSADESGQIF ICSQEESIKP KNIVEKIDFD SVSSIMASSQ

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K

+
分子 #2: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.593645 KDa
配列文字列: MATPAVPVSA PPATPTPVPA AAPASVPAPT PAPAAAPVPA AAPASSSDPA AAAAATAAPG QTPASAQAPA QTPAPALPGP ALPGPFPGG RVVRLHPVIL ASIVDSYERR NEGAARVIGT LLGTVDKHSV EVTNCFSVPH NESEDEVAVD MEFAKNMYEL H KKVSPNEL ...文字列:
MATPAVPVSA PPATPTPVPA AAPASVPAPT PAPAAAPVPA AAPASSSDPA AAAAATAAPG QTPASAQAPA QTPAPALPGP ALPGPFPGG RVVRLHPVIL ASIVDSYERR NEGAARVIGT LLGTVDKHSV EVTNCFSVPH NESEDEVAVD MEFAKNMYEL H KKVSPNEL ILGWYATGHD ITEHSVLIHE YYSREAPNPI HLTVDTSLQN GRMSIKAYVS TLMGVPGRTM GVMFTPLTVK YA YYDTERI GVDLIMKTCF SPNRVIGLSS DLQQVGGASA RIQDALSTVL QYAEDVLSGK VSADNTVGRF LMSLVNQVPK IVP DDFETM LNSNINDLLM VTYLANLTQS QIALNEKLVN L

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F

+
分子 #3: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.803734 KDa
配列文字列: MSYPADDYES EAAYDPYAYP SDYDMHTGDP KQDLAYERQY EQQTYQVIPE VIKNFIQYFH KTVSDLIDQK VYELQASRVS SDVIDQKVY EIQDIYENSW TKLTERFFKN TPWPEAEAIA PQVGNDAVFL ILYKELYYRH IYAKVSGGPS LEQRFESYYN Y CNLFNYIL ...文字列:
MSYPADDYES EAAYDPYAYP SDYDMHTGDP KQDLAYERQY EQQTYQVIPE VIKNFIQYFH KTVSDLIDQK VYELQASRVS SDVIDQKVY EIQDIYENSW TKLTERFFKN TPWPEAEAIA PQVGNDAVFL ILYKELYYRH IYAKVSGGPS LEQRFESYYN Y CNLFNYIL NADGPAPLEL PNQWLWDIID EFIYQFQSFS QYRCKTAKKS EEEIDFLRSN PKIWNVHSVL NVLHSLVDKS NI NRQLEVY TSGGDPESVA GEYGRHSLYK MLGYFSLVGL LRLHSLLGDY YQAIKVLENI ELNKKSMYSR VPECQVTTYY YVG FAYLMM RRYQDAIRVF ANILLYIQRT KSMFQRTTYK YEMINKQNEQ MHALLAIALT MYPMRIDESI HLQLREKYGD KMLR MQKGD PQVYEELFSY SCPKFLSPVV PNYDNVHPNY HKEPFLQQLK VFSDEVQQQA QLSTIRSFLK LYTTMPVAKL AGFLD LTEQ EFRIQLLVFK HKMKNLVWTS GISALDGEFQ SASEVDFYID KDMIHIADTK VARRYGDFFI RQIHKFEELN RTLKKM GQR P

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L

+
分子 #4: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.555832 KDa
配列文字列: MSVPAFIDIS EEDQAAELRA YLKSKGAEIS EENSEGGLHV DLAQIIEACD VCLKEDDKDV ESVMNSVVSL LLILEPDKQE ALIESLCEK LVKFREGERP SLRLQLLSNL FHGMDKNTPV RYTVYCSLIK VAASCGAIQY IPTELDQVRK WISDWNLTTE K KHTLLRLL ...文字列:
MSVPAFIDIS EEDQAAELRA YLKSKGAEIS EENSEGGLHV DLAQIIEACD VCLKEDDKDV ESVMNSVVSL LLILEPDKQE ALIESLCEK LVKFREGERP SLRLQLLSNL FHGMDKNTPV RYTVYCSLIK VAASCGAIQY IPTELDQVRK WISDWNLTTE K KHTLLRLL YEALVDCKKS DAASKVMVEL LGSYTEDNAS QARVDAHRCI VRALKDPNAF LFDHLLTLKP VKFLEGELIH DL LTIFVSA KLASYVKFYQ NNKDFIDSLG LLHEQNMAKM RLLTFMGMAV ENKEISFDTM QQELQIGADD VEAFVIDAVR TKM VYCKID QTQRKVVVSH STHRTFGKQQ WQQLYDTLNA WKQNLNKVKN SLLSLSDT

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M

+
分子 #6: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.979277 KDa
配列文字列: MASRKEGTGS TATSSSSTAG AAGKGKGKGG SGDSAVKQVQ IDGLVVLKII KHYQEEGQGT EVVQGVLLGL VVEDRLEITN CFPFPQHTE DDADFDEVQY QMEMMRSLRH VNIDHLHVGW YQSTYYGSFV TRALLDSQFS YQHAIEESVV LIYDPIKTAQ G SLSLKAYR ...文字列:
MASRKEGTGS TATSSSSTAG AAGKGKGKGG SGDSAVKQVQ IDGLVVLKII KHYQEEGQGT EVVQGVLLGL VVEDRLEITN CFPFPQHTE DDADFDEVQY QMEMMRSLRH VNIDHLHVGW YQSTYYGSFV TRALLDSQFS YQHAIEESVV LIYDPIKTAQ G SLSLKAYR LTPKLMEVCK EKDFSPEALK KANITFEYMF EEVPIVIKNS HLINVLMWEL EKKSAVADKH ELLSLASSNH LG KNLQLLM DRVDEMSQDI VKYNTYMRNT SKQQQQKHQY QQRRQQENMQ RQSRGEPPLP EEDLSKLFKP PQPPARMDSL LIA GQINTY CQNIKEFTAQ NLGKLFMAQA LQEYNN

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.578156 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGPV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #11: 40S ribosomal protein SA

分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.883938 KDa
配列文字列: MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA ...文字列:
MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA HSVGLMWWML AREVLRMRGT ISREHPWEVM PDLYFYRDPE EIEKEEQAAA EKAVTKEEFQ GEWTAPAPEF TA TQPEVAD WSEGVQVPSV PIQQFPTEDW SAQPATEDWS AAPTAQATEW VGATTDWS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S3a

分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S14

分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.302772 KDa
配列文字列:
MAPRKGKEKK EEQVISLGPQ VAEGENVFGV CHIFASFNDT FVHVTDLSGK ETICRVTGGM KVKADRDESS PYAAMLAAQD VAQRCKELG ITALHIKLRA TGGNRTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPIPSDS TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.047532 KDa
配列文字列:
MTKKRRNNGR AKKGRGHVQP IRCTNCARCV PKDKAIKKFV IRNIVEAAAV RDISEASVFD AYVLPKLYVK LHYCVSCAIH SKVVRNRSR EARKDRTPPP RFRPAGAAPR PPPKPM

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS26

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S28

分子名称: 40S ribosomal protein S28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.855052 KDa
配列文字列:
MDTSRVQPIK LARVTKVLGR TGSQGQCTQV RVEFMDDTSR SIIRNVKGPV REGDVLTLLE SEREARRLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #16: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 166.903781 KDa
配列文字列: MPAYFQRPEN ALKRANEFLE VGKKQPALDV LYDVMKSKKH RTWQKIHEPI MLKYLELCVD LRKSHLAKEG LYQYKNICQQ VNIKSLEDV VRAYLKMAEE KTEAAKEESQ QMVLDIEDLD NIQTPESVLL SAVSGEDTQD RTDRLLLTPW VKFLWESYRQ C LDLLRNNS ...文字列:
MPAYFQRPEN ALKRANEFLE VGKKQPALDV LYDVMKSKKH RTWQKIHEPI MLKYLELCVD LRKSHLAKEG LYQYKNICQQ VNIKSLEDV VRAYLKMAEE KTEAAKEESQ QMVLDIEDLD NIQTPESVLL SAVSGEDTQD RTDRLLLTPW VKFLWESYRQ C LDLLRNNS RVERLYHDIA QQAFKFCLQY TRKAEFRKLC DNLRMHLSQI QRHHNQSTAI NLNNPESQSM HLETRLVQLD SA ISMELWQ EAFKAVEDIH GLFSLSKKPP KPQLMANYYN KVSTVFWKSG NALFHASTLH RLYHLSREMR KNLTQDEMQR MST RVLLAT LSIPITPERT DIARLLDMDG IIVEKQRRLA TLLGLQAPPT RIGLINDMVR FNVLQYVVPE VKDLYNWLEV EFNP LKLCE RVTKVLNWVR EQPEKEPELQ QYVPQLQNNT ILRLLQQVSQ IYQSIEFSRL TSLVPFVDAF QLERAIVDAA RHCDL QVRI DHTSRTLSFG SDLNYATRED APIGPHLQSM PSEQIRNQLT AMSSVLAKAL EVIKPAHILQ EKEEQHQLAV TAYLKN SRK EHQRILARRQ TIEERKERLE SLNIQREKEE LEQREAELQK VRKAEEERLR QEAKEREKER ILQEHEQIKK KTVRERL EQ IKKTELGAKA FKDIDIEDLE ELDPDFIMAK QVEQLEKEKK ELQERLKNQE KKIDYFERAK RLEEIPLIKS AYEEQRIK D MDLWEQQEEE RITTMQLERE KALEHKNRMS RMLEDRDLFV MRLKAARQSV YEEKLKQFEE RLAEERHNRL EERKRQRKE ERRITYYREK EEEEQRRAEE QMLKEREERE RAERAKREEE LREYQERVKK LEEVERKKRQ RELEIEERER RREEERRLGD SSLSRKDSR WGDRDSEGTW RKGPEADSEW RRGPPEKEWR RGEGRDEDRS HRRDEERPRR LGDDEDREPS LRPDDDRVPR R GMDDDRGP RRGPEEDRFS RRGADDDRPS WRNTDDDRPP RRIADEDRGN WRHADDDRPP RRGLDEDRGS WRTADEDRGP RR GMDDDRG PRRGGADDER SSWRNADDDR GPRRGLDDDR GPRRGMDDDR GPRRGMDDDR GPRRGMDDDR GPRRGLDDDR GPW RNADDD RIPRRGAEDD RGPWRNMDDD RLSRRADDDR FPRRGDDSRP GPWRPLVKPG GWREKEKARE ESWGPPRESR PSEE REWDR EKERDRDNQD REENDKDPER ERDRERDVDR EDRFRRPRDE GGWRRGPAEE SSSWRDSSRR DDRDRDDRRR ERDDR RDLR ERRDLRDDRD RRGPPLRSER EEVSSWRRAD DRKDDRVEER DPPRRVPPPA LSRDRERDRD REREGEKEKA SWRAEK DRE SLRRTKNETD EDGWTTVRR

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

+
分子 #17: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.281633 KDa
配列文字列: MAEYDLTTRI AHFLDRHLVF PLLEFLSVKE IYNEKELLQG KLDLLSDTNM VDFAMDVYKN LYSDDIPHAL REKRTTVVAQ LKQLQAETE PIVKMFEDPE TTRQMQSTRD GRMLFDYLAD KHGFRQEYLD TLYRYAKFQY ECGNYSGAAE YLYFFRVLVP A TDRNALSS ...文字列:
MAEYDLTTRI AHFLDRHLVF PLLEFLSVKE IYNEKELLQG KLDLLSDTNM VDFAMDVYKN LYSDDIPHAL REKRTTVVAQ LKQLQAETE PIVKMFEDPE TTRQMQSTRD GRMLFDYLAD KHGFRQEYLD TLYRYAKFQY ECGNYSGAAE YLYFFRVLVP A TDRNALSS LWGKLASEIL MQNWDAAMED LTRLKETIDN NSVSSPLQSL QQRTWLIHWS LFVFFNHPKG RDNIIDLFLY QP QYLNAIQ TMCPHILRYL TTAVITNKDV RKRRQVLKDL VKVIQQESYT YKDPITEFVE CLYVNFDFDG AQKKLRECES VLV NDFFLV ACLEDFIENA RLFIFETFCR IHQCISINML ADKLNMTPEE AERWIVNLIR NARLDAKIDS KLGHVVMGNN AVSP YQQVI EKTKSLSFRS QMLAMNIEKK LNQNSRSEAP NWATQDSGFY

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E

+
分子 #18: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.060758 KDa
配列文字列: MAKFMTPVIQ DNPSGWGPCA VPEQFRDMPY QPFSKGDRLG KVADWTGATY QDKRYTNKYS SQFGGGSQYA YFHEEDESSF QLVDTARTQ KTAYQRNRMR FAQRNLRRDK DRRNMLQFNL QILPKSAKQK ERERIRLQKK FQKQFGVRQK WDQKSQKPRD S SVEVRSDW ...文字列:
MAKFMTPVIQ DNPSGWGPCA VPEQFRDMPY QPFSKGDRLG KVADWTGATY QDKRYTNKYS SQFGGGSQYA YFHEEDESSF QLVDTARTQ KTAYQRNRMR FAQRNLRRDK DRRNMLQFNL QILPKSAKQK ERERIRLQKK FQKQFGVRQK WDQKSQKPRD S SVEVRSDW EVKEEMDFPQ LMKMRYLEVS EPQDIECCGA LEYYDKAFDR ITTRSEKPLR SIKRIFHTVT TTDDPVIRKL AK TQGNVFA TDAILATLMS CTRSVYSWDI VVQRVGSKLF FDKRDNSDFD LLTVSETANE PPQDEGNSFN SPRNLAMEAT YIN HNFSQQ CLRMGKERYN FPNPNPFVED DMDKNEIASV AYRYRRWKLG DDIDLIVRCE HDGVMTGANG EVSFINIKTL NEWD SRHCN GVDWRQKLDS QRGAVIATEL KNNSYKLARW TCCALLAGSE YLKLGYVSRY HVKDSSRHVI LGTQQFKPNE FASQI NLSV ENAWGILRCV IDICMKLEEG KYLILKDPNK QVIRVYSLPD GTFSSDEDEE EEEEEEEEEE EEET

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

+
分子 #19: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.503945 KDa
配列文字列: MSRFFTTGSD SESESSLSGE ELVTKPVGGN YGKQPLLLSE DEEDTKRVVR SAKDKRFEEL TNLIRTIRNA MKIRDVTKCL EEFELLGKA YGKAKSIVDK EGVPRFYIRI LADLEDYLNE LWEDKEGKKK MNKNNAKALS TLRQKIRKYN RDFESHITSY K QNPEQSAD ...文字列:
MSRFFTTGSD SESESSLSGE ELVTKPVGGN YGKQPLLLSE DEEDTKRVVR SAKDKRFEEL TNLIRTIRNA MKIRDVTKCL EEFELLGKA YGKAKSIVDK EGVPRFYIRI LADLEDYLNE LWEDKEGKKK MNKNNAKALS TLRQKIRKYN RDFESHITSY K QNPEQSAD EDAEKNEEDS EGSSDEDEDE DGVSAATFLK KKSEAPSGES RKFLKKMDDE DEDSEDSEDD EDWDTGSTSS DS DSEEEEG KQTALASRFL KKAPTTDEDK KAAEKKREDK AKKKHDRKSK RLDEEEEDNE GGEWERVRGG VPLVKEKPKM FAK GTEITH AVVIKKLNEI LQARGKKGTD RAAQIELLQL LVQIAAENNL GEGVIVKIKF NIIASLYDYN PNLATYMKPE MWGK CLDCI NELMDILFAN PNIFVGENIL EESENLHNAD QPLRVRGCIL TLVERMDEEF TKIMQNTDPH SQEYVEHLKD EAQVC AIIE RVQRYLEEKG TTEEVCRIYL LRILHTYYKF DYKAHQRQLT PPEGSSKSEQ DQAENEGEDS AVLMERLCKY IYAKDR TDR IRTCAILCHI YHHALHSRWY QARDLMLMSH LQDNIQHADP PVQILYNRTM VQLGICAFRQ GLTKDAHNAL LDIQSSG RA KELLGQGLLL RSLQERNQEQ EKVERRRQVP FHLHINLELL ECVYLVSAML LEIPYMAAHE SDARRRMISK QFHHQLRV G ERQPLLGPPE SMREHVVAAS KAMKMGDWKT CHSFIINEKM NGKVWDLFPE ADKVRTMLVR KIQEESLRTY LFTYSSVYD SISMETLSDM FELDLPTVHS IISKMIINEE LMASLDQPTQ TVVMHRTEPT AQQNLALQLA EKLGSLVENN ERVFDHKQGT YGGYFRDQK DGYRKNEGYM RRGGYRQQQS QTAY

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

+
分子 #5: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.412445 KDa
配列文字列: GGGCAACAAC AACAAGCUAG CCACAACAAC AACAACAACA ACAACAAGUC GACCAACAAC AACAACAACA ACAACAACAA CUCGAGCAA CAACAACAAC AACAACAACA ACAAGGAUCC AAAACAGACC ACCAUGGUAC GUUUCAAGGC UUGAGCCCUC G UCACUGCC ...文字列:
GGGCAACAAC AACAAGCUAG CCACAACAAC AACAACAACA ACAACAAGUC GACCAACAAC AACAACAACA ACAACAACAA CUCGAGCAA CAACAACAAC AACAACAACA ACAAGGAUCC AAAACAGACC ACCAUGGUAC GUUUCAAGGC UUGAGCCCUC G UCACUGCC CUGUGGGGCA AGGUGACUCU GGAAGAAGUU GGUGGUGAGG CCCUGGGCAG GCUGCAGAGU GUGAGGGAAG GU CUGGUUG UCUACCAA

+
分子 #7: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 7
詳細: Only small part of the 18S rRNA is provided with sequence truncated to visualized only parts.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 603.2455 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAU(A2M)UGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUG AGUACGCACG GCCGGU ACA GUGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGU(OMU)CC(PSU) U(OMU)GGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUU GGAU ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAU(A2M)UGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUG AGUACGCACG GCCGGU ACA GUGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGU(OMU)CC(PSU) U(OMU)GGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUU GGAU AACUGUGGUA (A2M)UUCUAG(A2M)GC UAAUA(OMC)AUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGC GUGCA UUUAUCAGAU CAAAACCAAC CCGGUCAGCC CCUCUCCGGC CCCGGCCGGG GGGCGGGCGC CGGCGGCUUU GGUGA CUCU AGAUAACCUC GGGCCGAUCG CACGCCCCCC GUGGCGGCGA CGACCCAUUC GAACGUCUGC CCUAUCAACU UUCGAU GGU AGUCGCCGUG CCUACCAUGG UGACCACGGG UGACGGGGAA UCAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGG CU ACCACAUCCA AGGAAGGCAG CAGGCGCGC(A2M) AAUUACCCAC UCCCGACCCG GGGA(OMG)GUAGU GA(OMC)GAA AAA UAACAAUACA GGACUCUUUC GAGGCCCUGU AAUUGGAAUG AGUCCACUUU AAAUCCUUUA ACGAGGAUCC AUUGGAG GG CAAGUCUGG(PSU) GCCAGCAGCC GCGGUAAUUC CAGCUCCAAU A(OMG)CGUAUAUU AAAGUUGCUG CAGUU(A2M) AAA AGCUCGUAGU U(OMG)GAUCUUGG GAGCGGGCGG GCGGUCCGCC GCGAGGCGAG CCACCGCCCG UCCCCGCCCC UUG CCUCUC GGCGCCCCCU CGAUGCUCUU AGCUGAGUGU CCCGCGGGGC CCGAAGCGUU UACUUUGAAA AAA(5MU)UAGAGU G(PSU)(PSU)CAAAGC AGGCCCGAGC CGCCUGGAUA CCGCAGCUAG GAAUAAUGGA AUAGGACCGC GGUUCUAUUU UGU UGGUUU UCGGAACUGA GGCCAUGAUU AAGAGGGACG GCCGGGGGCA UUCGUAUUGC GCCGCUAGAG GUGAAAUUCU UGGA CCGGC GCAAGACGGA CCAGAGCGAA AGCAUUUGCC AAGAAUGUUU UCAUUAAUCA AGA(A2M)CGAAAG UCGGAGGUUC G AAGACGAU CAGAUACCGU CGUAGUUCCG ACCA(PSU)AAACG AUGCCGACCG GCGAUGCGGC GGCGUUAUUC CCAUGACC C GCCGGGCAGC UUCCGGGAAA CCAAAGUCUU UGGGUUCCGG GGGGAGUAUG GUUGCAAAGC UGAAACUUAA AGGAAUUGA CGGAAGGGCA CCAC(JMH)AGGAG UGGAGCCUGC GGCUUAAU(PSU)U GAC(B8N)CAACAC GGGAAACCUC ACCCGGCC C GGACACGGAC AGGAUUGACA GAUUGAUAGC UCUUUCUCGA UUCCGUGGGU GGUGGUGCAU GGCCGUUCUU AGUUGGUGG AGCGAUUUGU CUGGUUAAUU C(5MC)GAUAACGA ACGAGACUCU GGCAUGCUAA CUAGUUACGC GACCCCCGAG CGGUCG GCG UCCCCCAACU UCUUAGAGGG ACAAGUGGCG UUCAGCCACC CGAGAUUGAG CAAUAACAGG UCUGUGAUGC CCUUAGA UG UCCGGGGCUG CACGCGCGCU ACACUGACUG GCUCAGCGUG UGCCUACCCU ACGCCGGCAG GCGCGGGUAA CCCGUUGA A CCCCAUUCGU GAUGGGGAUC GGGGAUUGCA AUUAUUCCCC AUGAACGAGG AAUUCCCAGU AAGUGCGGGU CAUAAGCUU GCGUUGAUU(A2M) AGUCCCUGCC CUUUGUACAC ACCG(OMC)CCGUC GCUACUACCG AUUGGAUGGU UUAGUGAGGC CC UCGGAUC GGCCCCGCCG GGGUCGGCCC ACGGCCCUGG CGGAGCGCUG AGAAGACGGU CGAACUUGAC UAUCUAGAGG AAG UAAAAG UCG(UR3)A(6MZ)CAAG GUUUCCGUAG GUG(MA6)(MA6)CCUGC GGAAGGAUCA UUA

+
分子 #20: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
95.0 mMPotassium acetateKOAc
3.75 mMMagnesium acetateMg(OAc)2
1.0 mMAdenosine triphosphateATP
0.5 mMGuanosine triphosphateGTP
2.0 mMDithiothreitolDTT
0.25 mMSpermidine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Manual blotting & plunge-freezing.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Electron-optical aberrations were corrected using a CETCOR Cs-corrector (CEOS, Heidelberg) aligned with the CETCORPLUS 4.6.9 software package (CEOS, Heidelberg).
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Low resolution cryo-EM map of vacant human 40S subunit.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 356632
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8rg0:
Structure of human eIF3 core from closed 48S translation initiation complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る