+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18735 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of a GroEL14-GroES7 complex in presence of ADP-BeFx with wide GroEL7 trans ring conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Chaperonin / Folding cage / proteostasis / heat shock / ATPase / CHAPERONE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / unfolded protein binding / positive regulation of T cell activation / protein folding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Wagner J / Caravajal AI / Beck F / Bracher A / Wan W / Bohn S / Koerner R / Baumeister W / Fernandez-Busnadiego R / Hartl FU | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Visualizing chaperonin function in situ by cryo-electron tomography 著者: Wagner J / Caravajal AI / Beck F / Bracher A / Wan W / Bohn S / Koerner R / Baumeister W / Fernandez-Busnadiego R / Hartl FU | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18735.map.gz | 122.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-18735-v30.xml emd-18735.xml | 21.5 KB 21.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18735_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18735.png | 149.4 KB | ||
マスクデータ | emd_18735_msk_1.map | 129.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18735.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_18735_half_map_1.map.gz emd_18735_half_map_2.map.gz | 120.4 MB 120.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18735 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18735_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_18735_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18735_validation.xml.gz | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18735_validation.cif.gz | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18735 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qxsMC 8p4mC 8p4nC 8p4oC 8p4pC 8p4rC 8qxtC 8qxuC 8qxvC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18735_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18735_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18735_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GroEL14-GroES7-MetK
全体 | 名称: GroEL14-GroES7-MetK |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: GroEL14-GroES7-MetK
超分子 | 名称: GroEL14-GroES7-MetK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: with bound ADP-BeF3 Mg2+ K+ |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 1.03 MDa |
-分子 #1: Chaperonin GroEL
分子 | 名称: Chaperonin GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chaperonin ATPase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 57.260504 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: AAKDVKFGND ARVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK L IAEAMDKV ...文字列: AAKDVKFGND ARVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK L IAEAMDKV GKEGVITVED GTGLQDELDV VEGMQFDRGY LSPYFINKPE TGAVELESPF ILLADKKISN IREMLPVLEA VA KAGKPLL IIAEDVEGEA LATLVVNTMR GIVKVAAVKA PGFGDRRKAM LQDIATLTGG TVISEEIGME LEKATLEDLG QAK RVVINK DTTTIIDGVG EEAAIQGRVA QIRQQIEEAT SDYDREKLQE RVAKLAGGVA VIKVGAATEV EMKEKKARVE DALH ATRAA VEEGVVAGGG VALIRVASKL ADLRGQNEDQ NVGIKVALRA MEAPLRQIVL NCGEEPSVVA NTVKGGDGNY GYNAA TEEY GNMIDMGILD PTKVTRSALQ YAASVAGLMI TTECMVTDLP KNDAADLGAA GGMGGMGGMG GMM UniProtKB: Chaperonin GroEL |
-分子 #2: Co-chaperonin GroES
分子 | 名称: Co-chaperonin GroES / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 10.400938 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNIRPLHDRV IVKRKEVETK SAGGIVLTGS AAAKSTRGEV LAVGNGRILE NGEVKPLDVK VGDIVIFNDG YGVKSEKIDN EEVLIMSES DILAIVEA UniProtKB: Co-chaperonin GroES |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 14 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子 | 名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: BEF |
---|---|
分子量 | 理論値: 66.007 Da |
Chemical component information | ChemComp-BEF: |
-分子 #6: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 14 / 式: K |
---|---|
分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 21 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10.3 mg/mL | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
| ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 5.9 mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside were added before vitrification. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |