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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1848 | |||||||||
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タイトル | High salt resistant human spliceosomal C complex core | |||||||||
マップデータ | This is a 3D map of the high-salt resistant human spliceosomal C complex core | |||||||||
試料 |
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キーワード | spliceosome / pre-mRNA splicing / C complex / high salt / core | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 | |||||||||
データ登録者 | Golas MM / Sander B / Bessonov S / Grote M / Wolf E / Kastner B / Stark H / Luhrmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2010 タイトル: 3D cryo-EM structure of an active step I spliceosome and localization of its catalytic core. 著者: Monika M Golas / Bjoern Sander / Sergey Bessonov / Michael Grote / Elmar Wolf / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann / 要旨: The spliceosome excises introns from pre-mRNA in a two-step splicing reaction. So far, the three-dimensional (3D) structure of a spliceosome with preserved catalytic activity has remained elusive. ...The spliceosome excises introns from pre-mRNA in a two-step splicing reaction. So far, the three-dimensional (3D) structure of a spliceosome with preserved catalytic activity has remained elusive. Here, we determined the 3D structure of the human, catalytically active step I spliceosome (C complex) by cryo-electron microscopy (cryo-EM) in vitrified ice. Via immunolabeling we mapped the position of the 5' exon. The C complex contains an unusually salt-stable ribonucleoprotein (RNP) core that harbors its catalytic center. We determined the 3D structure of this RNP core and also that of a post-step II particle, the 35S U5 snRNP, which contains most of the C complex core proteins. As C complex domains could be recognized in these structures, their position in the C complex could be determined, thereby allowing the region harboring the spliceosome's catalytic core to be localized. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1848.map.gz | 3.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1848-v30.xml emd-1848.xml | 6.3 KB 6.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_1848.png | 74.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1848 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1848 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1848_validation.pdf.gz | 184.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1848_full_validation.pdf.gz | 183.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1848_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1848 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1848 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a 3D map of the high-salt resistant human spliceosomal C complex core | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : High salt resistant human spliceosomal C complex core
全体 | 名称: High salt resistant human spliceosomal C complex core |
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要素 |
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-超分子 #1000: High salt resistant human spliceosomal C complex core
超分子 | 名称: High salt resistant human spliceosomal C complex core タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: High salt resistant human spliceosomal C complex core
超分子 | 名称: High salt resistant human spliceosomal C complex core タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: High salt core of spliceosomal C complex / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) |
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