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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of DPS determined by cryoEM at 100 keV | |||||||||||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding ...DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y ...McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y / Hutchings KA / Gittins O / Sobhy M / Wells T / El-Gomati MM / Dalby J / Meffert M / Schulze-Briese C / Henderson R / Russo CJ | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure determination by cryoEM at 100 keV. 著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A ...著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A Hutchings / Olivia Gittins / Mohamed A Sobhy / Torquil Wells / Mohamed M El-Gomati / Jason Dalby / Matthias Meffert / Clemens Schulze-Briese / Richard Henderson / Christopher J Russo / ![]() ![]() ![]() 要旨: Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose- ...Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose-built instrument operating at 100 keV-including advances in electron optics, detection, and processing-that makes structure determination fast and simple at a fraction of current costs. The instrument attains its theoretical performance limits, allowing atomic resolution imaging of gold test specimens and biological molecular structure determination in hours. We demonstrate its capabilities by determining the structures of eleven different specimens, ranging in size from 140 kDa to 2 MDa, using a fraction of the data normally required. CryoEM with a microscope designed specifically for high-efficiency, on-the-spot imaging of biological molecules will expand structural biology to a wide range of previously intractable problems. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 102.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 83.7 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 65.3 MB 65.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 745.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 744.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pv9MC ![]() 8pvaC ![]() 8pvbC ![]() 8pvcC ![]() 8pvdC ![]() 8pveC ![]() 8pvfC ![]() 8pvgC ![]() 8pvhC ![]() 8pviC ![]() 8pvjC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.862 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17958_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17958_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : DNA protection during starvation protein (DPS)
全体 | 名称: DNA protection during starvation protein (DPS) |
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要素 |
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-超分子 #1: DNA protection during starvation protein (DPS)
超分子 | 名称: DNA protection during starvation protein (DPS) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: DNA protection during starvation protein
分子 | 名称: DNA protection during starvation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 18.530996 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: STAKLVKSKA TNLLYTRNDV SDSEKAATVE LLNRQVIQFI DLSLITKQAH WNMRGANFIA VHEMLDGFRT ALIDHLDTMA ERAVQLGGV ALGTTQVINS KTPLKSYPLD IHNVQDHLKE LADRYAIVAN DVRKAIGEAK DDDTADILTA ASRDLDKFLW F IESNIE UniProtKB: DNA protection during starvation protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1400/HR + YPS FEG |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DECTRIS SINGLA (1k x 1k) デジタル化 - サイズ - 横: 1030 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1066 pixel / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |