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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Sodium proton exchanger NhaA with bound cardiolipin | |||||||||
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![]() | Sodium proton exchanger / Cardiolipin / NhaA / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1 / sodium:proton antiporter activity / regulation of pH / plasma membrane / Na(+)/H(+) antiporter NhaA![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
![]() | Gulati A / Meier P / Kokane S / Drew D | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Sodium proton exchanger NhaA with bound cardiolipin 著者: Kokane S / Meier P / Gulati A / Matsuoka R / Pipatpolkai T / Delemotte L / Drew D | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 106.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 104.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 115.6 MB 115.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ps0MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9137 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17841_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17841_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : NhaA dimer
全体 | 名称: NhaA dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: NhaA dimer
超分子 | 名称: NhaA dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
分子 | 名称: Na(+)/H(+) antiporter NhaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 42.304422 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKHLHRFFSS DASGGIILII AAILAMIMAN SGATSGWYHD FLETPVQLRV GSLEINKNML LWINDALMAV FFLLVGLEVK RELMQGSLA SLRQAAFPVI AAIGGMIVPT LLYLAFNYAD PITREGWAIP AATDIAFALG VLALLGSRVP LALKIFLMAL A IIDDLGAI ...文字列: MKHLHRFFSS DASGGIILII AAILAMIMAN SGATSGWYHD FLETPVQLRV GSLEINKNML LWINDALMAV FFLLVGLEVK RELMQGSLA SLRQAAFPVI AAIGGMIVPT LLYLAFNYAD PITREGWAIP AATDIAFALG VLALLGSRVP LALKIFLMAL A IIDDLGAI IIIALFYTND LSMASLGVAA VAIAVLAVLN LCGARRTGVY ILVGVVLWTA VLKSGVHATL AGVIVGFFIP LK EKHGRSP AKRLEHVLHP WVAYLILPLF AFANAGVSLG GVTLDGLTSI LPLGIIAGML IGKPLGISLF CWLALRLKLA HLP EGTTYQ QIMVVGILCG IGFTMSIFIA SLAFGSVDPE LINWAKLGIL VGSISSAVIG YSWLRVRLRP SVGSENLYFQ UniProtKB: Na(+)/H(+) antiporter NhaA |
-分子 #2: CARDIOLIPIN
分子 | 名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: CDL |
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分子量 | 理論値: 1.464043 KDa |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CDL: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 68.11 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |