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- EMDB-16840: Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, Structure... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16840
タイトルStructure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, Structure 1 (local resolution filtered map)
マップデータLocal resolution filtered map for structure 1, Pol II-SPT6-Elongin model with ELOA latch
試料
  • 複合体: The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードTranscription elongation / Elongin / RNA polymerase II / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of isotype switching / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of muscle cell differentiation / nucleosome organization / regulation of mRNA processing / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter ...regulation of isotype switching / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of muscle cell differentiation / nucleosome organization / regulation of mRNA processing / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / target-directed miRNA degradation / elongin complex / blastocyst formation / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / : / : / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / site of DNA damage / organelle membrane / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / transcription elongation by RNA polymerase I / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / mRNA transport / positive regulation of translational initiation / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / RNA polymerase I activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA polymerase II activity / nucleosome binding / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / transcription corepressor binding / transcription elongation factor complex / transcription elongation by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / P-body / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / mRNA processing / ribonucleoside binding / fibrillar center / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / chromosome / single-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / histone binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II transcription factor SIII, subunit A / : / RNA polymerase II transcription factor SIII (Elongin) subunit A / HHH domain 9 / HHH domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain ...RNA polymerase II transcription factor SIII, subunit A / : / RNA polymerase II transcription factor SIII (Elongin) subunit A / HHH domain 9 / HHH domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS N-terminal domain profile. / F-box domain profile. / F-box domain / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Elongin B / Elongin-C / RuvA domain 2-like / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E ...RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Elongin-A / Elongin-C / Elongin-B / Transcription elongation factor SPT6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Chen Y / Kokic G / Dienemann C / Dybkov O / Urlaub H / Cramer P
資金援助European Union, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)882357European Union
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of the transcribing RNA polymerase II-Elongin complex.
著者: Ying Chen / Goran Kokic / Christian Dienemann / Olexandr Dybkov / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Elongin is a heterotrimeric elongation factor for RNA polymerase (Pol) II transcription that is conserved among metazoa. Here, we report three cryo-EM structures of human Elongin bound to ...Elongin is a heterotrimeric elongation factor for RNA polymerase (Pol) II transcription that is conserved among metazoa. Here, we report three cryo-EM structures of human Elongin bound to transcribing Pol II. The structures show that Elongin subunit ELOA binds the RPB2 side of Pol II and anchors the ELOB-ELOC subunit heterodimer. ELOA contains a 'latch' that binds between the end of the Pol II bridge helix and funnel helices, thereby inducing a conformational change near the polymerase active center. The latch is required for the elongation-stimulatory activity of Elongin, but not for Pol II binding, indicating that Elongin functions by allosterically regulating the conformational mobility of the polymerase active center. Elongin binding to Pol II is incompatible with association of the super elongation complex, PAF1 complex and RTF1, which also contain an elongation-stimulatory latch element.
履歴
登録2023年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16840.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution filtered map for structure 1, Pol II-SPT6-Elongin model with ELOA latch
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.07501235 - 0.18242835
平均 (標準偏差)-0.000013002974 (±0.0032525875)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 461.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16840_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 for the local resolution filtered map

ファイルemd_16840_half_map_1.map
注釈half map 1 for the local resolution filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 for the local resolution filtered map

ファイルemd_16840_half_map_2.map
注釈half map 2 for the local resolution filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex

全体名称: The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex
要素
  • 複合体: The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit D
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit K
    • DNA: Non-template DNA
    • RNA: RNA
    • DNA: Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-A
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT6
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex

超分子名称: The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
詳細: The map is generated from a sub-class of a Cryo-EM dataset for the Pol II-SPT6-Elongin complex.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 217.450078 KDa
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EP RYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDN ELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNID RLQEL VRRGNSQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWS TFRL NLSVTTPYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEV MNL LMFLSTWDGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGIL CK KSLGTSAGSL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKA H NNELEPTPGN TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQL RYGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM R EDREVLRV IFPTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LL FNIHLRS TLCSRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLG VPRLKE LINISKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMP DFDVA RISPWLLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMD DDVF LRCIESNMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSN DIV EIFTVLGIEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLM EA AAHGESDPMK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPW N QGATPAYGAW SPSVGSGMTP GAAGFSPSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP SYSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPNYS PTSPNYTPTS P SYSPTSPS YSPTSPNYTP TSPNYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPSS PRYTPQSPTY TPSSPSYSPS SPSYSPTSPK YT PTSPSYS PSSPEYTPTS PKYSPTSPKY SPTSPKYSPT SPTYSPTTPK YSPTSPTYSP TSPVYTPTSP KYSPTSPTYS PTS PKYSPT SPTYSPTSPK GSTYSPTSPG YSPTSPTYSL TSPAISPDDS DEEN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 142.426125 KDa
配列文字列: MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGLG APGSCANMYD ADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ QLDSFDEFIQ MSVQRIVEDA PPIDLQAEAQ HASGEVEEPP R YLLKFEQI ...文字列:
MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGLG APGSCANMYD ADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ QLDSFDEFIQ MSVQRIVEDA PPIDLQAEAQ HASGEVEEPP R YLLKFEQI YLSKPTHWER DGAPSPMMPN EARLRNLTYS APLYVDITKT VIKEGEEQLQ TQHQKTFIGK IPIMLRSTYC LL NGLTDRD LCELNECPLD PGGYFIINGS EKVLIAQEKM ATNTVYVFAK KDSKYAYTGE CRSCLENSSR PTSTIWVSML ARG GQGAKK SAIGQRIVAT LPYIKQEVPI IIVFRALGFV SDRDILEHII YDFEDPEMME MVKPSLDEAF VIQEQNVALN FIGS RGAKP GVTKEKRIKY AKEVLQKEML PHVGVSDFCE TKKAYFLGYM VHRLLLAALG RRELDDRDHY GNKRLDLAGP LLAFL FRGM FKNLLKEVRI YAQKFIDRGK DFNLELAIKT RIISDGLKYS LATGNWGDQK KAHQARAGVS QVLNRLTFAS TLSHLR RLN SPIGRDGKLA KPRQLHNTLW GMVCPAETPE GHAVGLVKNL ALMAYISVGS QPSPILEFLE EWSMENLEEI SPAAIAD AT KIFVNGCWVG IHKDPEQLMN TLRKLRRQMD IIVSEVSMIR DIREREIRIY TDAGRICRPL LIVEKQKLLL KKRHIDQL K EREYNNYSWQ DLVASGVVEY IDTLEEETVM LAMTPDDLQE KEVAYCSTYT HCEIHPSMIL GVCASIIPFP DHNQSPRNT YQSAMGKQAM GVYITNFHVR MDTLAHVLYY PQKPLVTTRS MEYLRFRELP AGINSIVAIA SYTGYNQEDS VIMNRSAVDR GFFRSVFYR SYKEQESKKG FDQEEVFEKP TRETCQGMRH AIYDKLDDDG LIAPGVRVSG DDVIIGKTVT LPENEDELEG T NRRYTKRD CSTFLRTSET GIVDQVMVTL NQEGYKFCKI RVRSVRIPQI GDKFASRHGQ KGTCGIQYRQ EDMPFTCEGI TP DIIINPH AIPSRMTIGH LIECLQGKVS ANKGEIGDAT PFNDAVNVQK ISNLLSDYGY HLRGNEVLYN GFTGRKITSQ IFI GPTYYQ RLKHMVDDKI HSRARGPIQI LNRQPMEGRS RDGGLRFGEM ERDCQIAHGA AQFLRERLFE ASDPYQVHVC NLCG IMAIA NTRTHTYECR GCRNKTQISL VRMPYACKLL FQELMSMSIA PRMMSV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 31.439074 KDa
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSDVLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: RNA polymerase II subunit D

分子名称: RNA polymerase II subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 20.962621 KDa
配列文字列:
MWGPAQPYSD SALSPKPRPF RAVFRGSALP FPAVRVEVRG RSMAAGGSDP RAGDVEEDAS QLIFPKEFET AETLLNSEVH MLLEHRKQQ NESAEDEQEL SEVFMKTLNY TARFSRFKNR ETIASVRSLL LQKKLHKFEL ACLANLCPET AEESKALIPS L EGRFEDEE LQQILDDIQT KRSFQY

UniProtKB: RNA polymerase II subunit D

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 24.644318 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit F

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.477001 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

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分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 19.314283 KDa
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLVS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

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分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.541221 KDa
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.310284 KDa
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #12: RNA polymerase II subunit K

分子名称: RNA polymerase II subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: RNA polymerase II, I and III subunit K

+
分子 #16: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.147781 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMKPQDSG SSANEQAVQ

UniProtKB: Elongin-B

+
分子 #17: Elongin-A

分子名称: Elongin-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 90.360602 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMHGGRSC GPRTRREPSS GEEAAPVTAM AAESALQVVE KLQARLAANP DPKKLLKYLK KLSTLPITVD ILAETGVGKT VNSLRKHEH VGSFARDLVA QWKKLVPVER NAEPDEQDFE KSNSRKRPRD ALQKEEEMEG DYQETWKATG SRSYSPDHRQ K KHRKLSEL ...文字列:
SNAMHGGRSC GPRTRREPSS GEEAAPVTAM AAESALQVVE KLQARLAANP DPKKLLKYLK KLSTLPITVD ILAETGVGKT VNSLRKHEH VGSFARDLVA QWKKLVPVER NAEPDEQDFE KSNSRKRPRD ALQKEEEMEG DYQETWKATG SRSYSPDHRQ K KHRKLSEL ERPHKVSHGH ERRDERKRCH RMSPTYSSDP ESSDYGHVQS PPSCTSPHQM YVDHYRSLEE DQEPIVSHQK PG KGHSNAF QDRLGASQER HLGEPHGKGV VSQNKEHKSS HKDKRPVDAK SDEKASVVSR EKSHKALSKE ENRRPPSGDN ARE KPPSSG VKKEKDREGS SLKKKCLPPS EAASDNHLKK PKHRDPEKAK LDKSKQGLDS FDTGKGAGDL LPKVKEKGSN NLKT PEGKV KTNLDRKSLG SLPKVEETDM EDEFEQPTMS FESYLSYDQP RKKKKKIVKT SATALGDKGL KKNDSKSTGK NLDSV QKLP KVNKTKSEKP AGADLAKLRK VPDVLPVLPD LPLPAIQANY RPLPSLELIS SFQPKRKAFS SPQEEEEAGF TGRRMN SKM QVYSGSKCAY LPKMMTLHQQ CIRVLKNNID SIFEVGGVPY SVLEPVLERC TPDQLYRIEE YNHVLIEETD QLWKVHC HR DFKEERPEEY ESWREMYLRL QDAREQRLRV LTKNIQFAHA NKPKGRQAKM AFVNSVAKPP RDVRRRQEKF GTGGAAVP E KIKIKPAPYP MGSSHASASS ISFNPSPEEP AYDGPSTSSA HLAPVVSSTV SYDPRKPTVK KIAPMMAKTI KAFKNRFSR R

UniProtKB: Elongin-A

+
分子 #18: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.485135 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDGEEKTYGG CEGPDAMYVK LISSDGHEFI VKREHALTSG TIKAMLSGPG QFAENETNEV NFREIPSHVL SKVCMYFTYK VRYTNSSTE IPEFPIAPEI ALELLMAANF LDC

UniProtKB: Elongin-C

+
分子 #19: Transcription elongation factor SPT6

分子名称: Transcription elongation factor SPT6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 199.602969 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMSDFVES EAEESEEEYN DEGEVVPRVT KKFVEEEDDD EEEEEENLDD QDEQGNLKGF INDDDDEDEG EEDEGSDSGD SEDDVGHKK RKRTSFDDRL EDDDFDLIEE NLGVKVKRGQ KYRRVKKMSD DEDDDEEEYG KEEHEKEAIA EEIFQDGEGE E GQEAMEAP ...文字列:
SNAMSDFVES EAEESEEEYN DEGEVVPRVT KKFVEEEDDD EEEEEENLDD QDEQGNLKGF INDDDDEDEG EEDEGSDSGD SEDDVGHKK RKRTSFDDRL EDDDFDLIEE NLGVKVKRGQ KYRRVKKMSD DEDDDEEEYG KEEHEKEAIA EEIFQDGEGE E GQEAMEAP MAPPEEEEED DEESDIDDFI VDDDGQPLKK PKWRKKLPGY TDAALQEAQE IFGVDFDYDE FEKYNEYDEE LE EEYEYED DEAEGEIRVR PKKTTKKRVS RRSIFEMYEP SELESSHLTD QDNEIRATDL PERFQLRSIP VKGAEDDELE EEA DWIYRN AFATPTISLQ ESCDYLDRGQ PASSFSRKGP STIQKIKEAL GFMRNQHFEV PFIAFYRKEY VEPELHINDL WRVW QWDEK WTQLRIRKEN LTRLFEKMQA YQYEQISADP DKPLADGIRA LDTTDMERLK DVQSMDELKD VYNHFLLYYG RDIPK MQNA AKASRKKLKR VREEGDEEGE GDEAEDEEQR GPELKQASRR DMYTICQSAG LDGLAKKFGL TPEQFGENLR DSYQRH ETE QFPAEPLELA KDYVCSQFPT PEAVLEGARY MVALQIAREP LVRQVLRQTF QERAKLNITP TKKGRKDVDE AHYAYSF KY LKNKPVKELR DDQFLKICLA EDEGLLTTDI SIDLKGVEGY GNDQTYFEEI KQFYYRDEFS HQVQEWNRQR TMAIERAL Q QFLYVQMAKE LKNKLLAEAK EYVIKACSRK LYNWLRVAPY RPDQQVEEDD DFMDENQGKG IRVLGIAFSS ARDHPVFCA LVNGEGEVTD FLRLPHFTKR RTAWREEERE KKAQDIETLK KFLLNKKPHV VTVAGENRDA QMLIEDVKRI VHELDQGQQL SSIGVELVD NELAILYMNS KKSEAEFRDY PPVLRQAVSL ARRIQDPLIE FAQVCSSDED ILCLKFHPLQ EHVVKEELLN A LYCEFINR VNEVGVDVNR AIAHPYSQAL IQYVCGLGPR KGTHLLKILK QNNTRLESRT QLVTMCHMGP KVFMNCAGFL KI DTASLGD STDSYIEVLD GSRVHPETYE WARKMAVDAL EYDESAEDAN PAGALEEILE NPERLKDLDL DAFAEELERQ GYG DKHITL YDIRAELSCR YKDLRTAYRS PNTEEIFNML TKETPETFYI GKLIICNVTG IAHRRPQGES YDQAIRNDET GLWQ CPFCQ QDNFPELSEV WNHFDSGSCP GQAIGVKTRL DNGVTGFIPT KFLSDKVVKR PEERVKVGMT VHCRIMKIDI EKFSA DLTC RTSDLMDRNN EWKLPKDTYY DFDAEAADHK QEEDMKRKQQ RTTYIKRVIA HPSFHNINFK QAEKMMETMD QGDVII RPS SKGENHLTVT WKVSDGIYQH VDVREEGKEN AFSLGATLWI NSEEFEDLDE IVARYVQPMA SFARDLLNHK YYQDCSG GD RKKLEELLIK TKKEKPTFIP YFICACKELP GKFLLGYQPR GKPRIEYVTV TPEGFRYRGQ IFPTVNGLFR WFKDHYQD P VPGITPSSSS RTRTPASINA TPANINLADL TRAVNALPQN MTSQMFSAIA AVTGQGQNPN ATPAQWASSQ YGYGGSGGG SSAYHVFPTP AQQPVATPLM TPSYSYTTPS QPITTPQYHQ LQASTTPQSA QAQPQPSSSS RQRQQQPKSN SHAAIDWGKM AEQWLQEKE AERRKQKQRL TPRPSPSPMI ESTPMSIAGD ATPLLDEMDR

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT6

+
分子 #13: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.932533 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)

+
分子 #15: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.672335 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC) (DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT) (DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)

+
分子 #14: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 14 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.843892 KDa
配列文字列:
UUAAGGAAUU AAGUCGUGCG UCUAAUAACC GGAGAGGGAA CCCACU

+
分子 #20: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.1
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.09 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.35000000000000003 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72087
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

詳細Rigid body fit
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8of0:
Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, Structure 1

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る