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万見- EMDB-16836: Structure of the Pol II-SPT6-Elongin complex (structure 1, global map) -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16836 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the Pol II-SPT6-Elongin complex (structure 1, global map) | ||||||||||||
マップデータ | Global map for Pol II-SPT6-Elongin structure | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription elongation / Elongin / RNA polymerase II / TRANSCRIPTION | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen Y / Kokic G / Dienemann C / Dybkov O / Urlaub H / Cramer P | ||||||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structure of the transcribing RNA polymerase II-Elongin complex. 著者: Ying Chen / Goran Kokic / Christian Dienemann / Olexandr Dybkov / Henning Urlaub / Patrick Cramer / 要旨: Elongin is a heterotrimeric elongation factor for RNA polymerase (Pol) II transcription that is conserved among metazoa. Here, we report three cryo-EM structures of human Elongin bound to ...Elongin is a heterotrimeric elongation factor for RNA polymerase (Pol) II transcription that is conserved among metazoa. Here, we report three cryo-EM structures of human Elongin bound to transcribing Pol II. The structures show that Elongin subunit ELOA binds the RPB2 side of Pol II and anchors the ELOB-ELOC subunit heterodimer. ELOA contains a 'latch' that binds between the end of the Pol II bridge helix and funnel helices, thereby inducing a conformational change near the polymerase active center. The latch is required for the elongation-stimulatory activity of Elongin, but not for Pol II binding, indicating that Elongin functions by allosterically regulating the conformational mobility of the polymerase active center. Elongin binding to Pol II is incompatible with association of the super elongation complex, PAF1 complex and RTF1, which also contain an elongation-stimulatory latch element. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16836.map.gz | 301.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16836-v30.xml emd-16836.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16836.png | 95.2 KB | ||
マスクデータ | emd_16836_msk_1.map | 325 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16836.cif.gz | 4.3 KB | ||
その他 | emd_16836_half_map_1.map.gz emd_16836_half_map_2.map.gz | 261.7 MB 261.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16836 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16836 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16836_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16836_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16836_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16836_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16836 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16836 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16836.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Global map for Pol II-SPT6-Elongin structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16836_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1 for generating the global map
ファイル | emd_16836_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 for generating the global map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2 for generating the global map
ファイル | emd_16836_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 for generating the global map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex
全体 | 名称: The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex |
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要素 |
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-超分子 #1: The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex
超分子 | 名称: The Pol II-SPT6-Elongin transcription elongation complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19 詳細: The map is generated from a sub-class of a Cryo-EM dataset for the Pol II-SPT6-Elongin complex. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.09 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 7.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.35000000000000003 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72087 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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