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- EMDB-1676: CryoEM 3D reconstruction of Rhodobacter capsulatus Mg-chelatase B... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1676
タイトルCryoEM 3D reconstruction of Rhodobacter capsulatus Mg-chelatase BchID complex in the presence of ADP
マップデータThis is the volume of the complex of Magnesium Chelatase subunit BchI and BchD incubated with ADP.
試料
  • 試料: Complex of Mg-chelatase subunits BchI and BchD in presence of ADP
  • タンパク質・ペプチド: Biosynthetic enzyme
キーワードAAA+ atpase / metallation / tetrapyrroles / Mg chelatase
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriochlorophyll biosynthetic process / magnesium chelatase / magnesium chelatase activity / photosynthesis / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Magnesium chelatase, ATPase subunit D / Magnesium-chelatase BchD/ChlD, VWA domain / Magnesium-chelatase subunit ChlI-like / Magnesium chelatase, ATPase subunit I / ChlI/MoxR, AAA lid domain / AAA lid domain / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain ...Magnesium chelatase, ATPase subunit D / Magnesium-chelatase BchD/ChlD, VWA domain / Magnesium-chelatase subunit ChlI-like / Magnesium chelatase, ATPase subunit I / ChlI/MoxR, AAA lid domain / AAA lid domain / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnesium-chelatase 60 kDa subunit / Magnesium-chelatase 38 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Lundqvist J / Elmlund H / Peterson-Wulff R / Elmlund D / Emanuelsson C / Hebert H / Willows R / Hansson M / Lindahl M / Al-Karadaghi S
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: A new cryo-EM single-particle ab initio reconstruction method visualizes secondary structure elements in an ATP-fueled AAA+ motor.
著者: Hans Elmlund / Joakim Lundqvist / Salam Al-Karadaghi / Mats Hansson / Hans Hebert / Martin Lindahl /
要旨: The generation of ab initio three-dimensional (3D) models is a bottleneck in the studies of large macromolecular assemblies by single-particle cryo-electron microscopy. We describe here a novel ...The generation of ab initio three-dimensional (3D) models is a bottleneck in the studies of large macromolecular assemblies by single-particle cryo-electron microscopy. We describe here a novel method, in which established methods for two-dimensional image processing are combined with newly developed programs for joint rotational 3D alignment of a large number of class averages (RAD) and calculation of 3D volumes from aligned projections (VolRec). We demonstrate the power of the method by reconstructing an approximately 660-kDa ATP-fueled AAA+ motor to 7.5 A resolution, with secondary structure elements identified throughout the structure. We propose the method as a generally applicable automated strategy to obtain 3D reconstructions from unstained single particles imaged in vitreous ice.
履歴
登録2010年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年1月18日-
マップ公開2010年1月21日-
更新2013年7月3日-
現状2013年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2x31
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1676.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the volume of the complex of Magnesium Chelatase subunit BchI and BchD incubated with ADP.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.167 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.0475533 - 0.135485
平均 (標準偏差)0.00109676 (±0.00760868)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 186.72 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1671.1671.167
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z186.720186.720186.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ121121121
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0480.1350.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Mg-chelatase subunits BchI and BchD in presence of ADP

全体名称: Complex of Mg-chelatase subunits BchI and BchD in presence of ADP
要素
  • 試料: Complex of Mg-chelatase subunits BchI and BchD in presence of ADP
  • タンパク質・ペプチド: Biosynthetic enzyme

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超分子 #1000: Complex of Mg-chelatase subunits BchI and BchD in presence of ADP

超分子名称: Complex of Mg-chelatase subunits BchI and BchD in presence of ADP
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 660 KDa / 理論値: 660 KDa

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分子 #1: Biosynthetic enzyme

分子名称: Biosynthetic enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Mg chelatase / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 660 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Vitrification
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 実像数: 18
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29400
最終 2次元分類クラス数: 258

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1g8p

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-2x31:
Modelling of the complex between subunits BchI and BchD of magnesium chelatase based on single-particle cryo-EM reconstruction at 7.5 ang

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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